将一些职能相近的部门整合在同一个大部门之下,从根源上解决部门之间协调难问题是大部制改革的动因。然而,在大部制磨合期内,由于新组合的大部门内部利益、职能、人事关系等各种要素发生变化,部门内部运转必然出现一系列协调难的问题,如业务整合难、权力缩减及内部阻力大等。通过对协调难问题的收集和研究,得出问题产生的根源主要包含三个方面:长期政府运转形成的部门利益争夺、部门之间职能不清及协调方式缺乏。本文立足于行政学、管理学的学科视角,运用组织理论、博弈论等理论对部门协调难原因进行深入剖析。并且,针对三大问题根源,提出解决大部制部门内部协调难的三大举措:建立部门内部财政控制制度、确立明晰的部门内部职能体系、形成以首长协调为主的灵活协调机制。尝试构建促进部门内部协调的三大制度、体系、机制,发挥三者共同合力,形成部门内部整体协调力。进而,推进大部制磨合期部门内部运转顺畅,促进大部制改革的顺利进行。