高度自治权是特别行政区制度的核心内容,是特别行政区制度得以有效运行的基础,本文从高度自治权的基本理论出发,分别对高度自治权的含义、内容、特征和性质等方面进行概述,进而把高度自治权同主权、民族自治权和剩余权力等相关概念进行辨析,明确了高度自治权在我国宪政体制下对实行“一国两制”方针的重要意义。为了促使特别行政区高度自治权的有效运行,我国对高度自治权从法律上、组织上和程序上进行了多层次的保障。不过高度自治权在立法、司法和行政等方面的运行中仍存在一些问题,其原因在于对高度自治权内涵的理解有偏差,基本法对高度自治权限度规定不够明确、监督制度的不完善,协调制度的不合理以及对基本法的解释权存在冲突等问题。在对高度自治权的内涵理解方面,要对“一国两制”进行全面的理解,并对高度自治权的性质进行准确的把握;对高度自治权的监督上,不仅中央要对高度自治权的运行进行宏观上的监督,特别行政区内部也应该建立一定的监督机制,使高度自治权在其授权的限度内运作;特别行政特区的协调机制包括对内协调机制和对外协调机制,对内协调的机构是行政会议,对外协调的机构是基本法委员会。对行政会议和基本法委员会制度的完善,可以实现其协调中央与特别行政区以及特别行政区内部关系的功能。在基本法的解释权方面,由于基本法解释权配置上的“二元”结构易造成解释权上的冲突,因此明确特别行政区法院对基本法解释权的授权性,并对解释权的程序和规则进行完善,这对于厘清“两元”解释权的关系以及高度自治权的行使具有重要的意义。