内蒙古绒山羊是我国优良地方品种,所产山羊绒是毛纺织业中优质的天然纤维纺织原料,素有“纤维宝石”、“软黄金”等美誉。课题组前期对内蒙古绒山羊(阿尔巴斯型)生产性能数据进行分析,根据粗毛长度(毛长)将内蒙古绒山羊划分为长毛型(毛长>22 cm)、短毛型(毛长≤13 cm)和中间型(13 cm<毛长≤22 cm)这三种毛被类型,并发现毛长对绒毛其他重要经济性状的间接选择具有一定参考价值,选择长毛型个体能够提高产绒量,增加羊绒长度,降低羊绒细度。本研究在课题组前期研究基础上,对12个月内蒙古绒山羊长毛型和短毛型个体共72份皮肤组织转录组测序数据进行加权基因共表达网络分析(WGCNA),探寻与不同毛被类型相关的共表达模块,挖掘候选基因,并对关键候选基因的相对表达量进行检测,对蛋白表达进行定位。研究得到以下主要结论:1、对72份转录组数据进行WGCNA分析,将基因划分为19个共表达模块,其中发现Magenta模块与毛被类型有较强的相关性。该模块共有128个基因,包括49个角蛋白相关基因及多个与脂肪代谢相关的基因。GO功能主要富集在细胞组分中,包括中间丝、中间纤维细胞骨架、细胞骨架和角蛋白纤维等。KEGG通路主要富集到MAPK信号通路、PPAR信号通路和精氨酸和脯氨酸代谢通路中。通过筛选得到FGF21、FGF22、ASL、KRT25、KRT39、KRT74、KRTAP3-1、KRTAP11-1、TCHH、LOC102178266、LOC108634683和LOC108637647等基因可能与绒山羊不同毛被类型相关。2、对FGF21、ASL、KRT25、KRT39和KRT74在生长期(9月份)、退行期(12月份)和休止期(3月份)的皮肤组织中进行相对表达量检测,结果表明FGF21、ASL、KRT39和KRT74在各时期间长毛型绒山羊的表达量均显著高于短毛型,并且相对表达量与毛长呈现极显著正相关关系,相关系数介于0.75～0.83之间;KRT25在长毛型绒山羊皮肤表达量仅在休止期显著高于短毛型。推测这些基因可能是影响绒山羊不同毛被类型的关键基因。3、对FGF21蛋白在两种毛被类型绒山羊的皮肤组织进行蛋白定位,结果表明FGF21主要在初级毛囊连接组织鞘、初级毛囊外根鞘、次级毛囊外根鞘、次级毛囊内根鞘和皮脂腺中表达。长毛型绒山羊初级毛囊FGF21的表达信号强于短毛型绒山羊,推测FGF21与毛长差异的形成有关。