随着改革开放的深度和广度和不断加大，人们的观念、习俗等都在不同程度的发生着变化。尤其随着信息技术的发展以及电脑在人们生活中的普遍应用，人与人之间的联系的紧密性、联系方式的多样性、联系内容的繁杂性等日益凸显出来。近年来我国的性侵犯案件发生的比例逐年上升且案件错综复杂，这些都为当前性侵犯案件的司法审判带来了一定的挑战。性侵犯泛指一切种类与性相关、且违反他人意愿,对他人作与性有关的行为。在现实中性侵犯案件事实的认定遵循的是普通刑事案件事实清楚，证据确实充分的认定原则，由于包含强奸、性骚扰、猥亵儿童等现象在内的性侵犯案件发案多在隐蔽场所,行为多表现为接吻、拥抱、抚摸甚至暴力，所以致使性侵犯案件的证据一般缺少直接目击证人，司法实践中性侵犯案件通常把“被告人做过有罪供述”即视为达成认定标准，这些往往在实际的事实认定过程中使办案人员的思路过窄，从而影响了法律的公正，同时也使性侵犯案件因证据问题在其事实认定时陷入了困境。而走出这个困境的途径就是重视间接证据的作用，然而在具体的司法实践中,因为缺少理论的支持,加之法律法规的不尽完善,性侵犯案件事实认定中间接证据的重要性尚未引起人们足够的重视,也不适应现代社会法治的要求。为了解决上述的难题，本文在查阅大量相关资料的基础上，结合自己作刑事辩护律师期间亲自辩护的三起性侵犯案件，指出了当前性侵犯案件的司法困境，即疑难性侵犯案件比例上升、司法机关只重视直接证据的作用、证据结构无法揭示案件真相。在此基础上提出了当前在性侵犯案件事实认定中存在的不重视间接证据证明作用的问题，即忽视了间接证据的使用。然后对该问题从法理和实证两个角度进行了分析，得出了间接证据在性侵犯案件中的决定作用、组合作用和补强作用。最后，针对上面的内容，综合分析了性侵犯案件中间接证据适用中注意的问题，希望能为我国性侵犯案件事实认定方面提供理论参考和实际的借鉴作用，同时对提高我国性侵犯案件的准确认定具有一定的现实意义。