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不同品种及不同发育阶段猪的免疫力存在着差异。脾脏是猪最大的外周免疫器官,同时也是机体最活跃的免疫器官。为研究猪免疫基因的分子调控机制,本研究以7日龄、90日龄、180日龄约克夏猪和180日龄确山黑猪为对象,采用高通量测序技术,结合在线免疫数据库和生物信息学分析技术,从全基因组水平分析不同发育阶段及不同品种猪脾脏组织的转录表达差异,构建免疫基因相关的表达网络,以期为猪免疫基因分子调控机制的研究奠定基础,同时为猪抗病育种的研究提供参考。试验结果如下:1.三个不同发育阶段约克夏猪脾脏组织的m RNA测序结果显示,180日龄与7日龄之间的差异表达基因数目最多,为1609个,180日龄与90日龄之间的差异表达基因最少,为124个,90日龄与7日龄之间的差异表达基因为1490个;随着日龄的增大,三个不同发育阶段中表达量显著升高的基因有5个,表达量显著下降的基因有3个,2个基因的表达量在90日龄最低,19个基因的表达量在90日龄最高。GO分析表明差异基因多富集在生物过程中,其中与免疫相关的趋化因子调节信号通路、炎症反应等均为差异基因显著富集的term;KEGG分析表明Pathway主要与免疫调控和细胞增殖相关,B细胞受体信号通路、T细胞受体信号通路及Toll样受体信号通路等均为显著性富集。结合免疫数据库,90日龄与7日龄、180日龄与7日龄、180日龄与90日龄差异表达基因中与免疫相关的基因分别有393、455、10个。其中,VPREB1、HDAC9、CXCL9和MRC2四个基因不仅在三个发育阶段中差异表达,同时也与免疫相关,随着日龄增大,CXCL9基因在三个不同发育阶段的表达显著上升,VPREB1和HDAC9两个基因的表达量在90日龄最高,MRC2基因的表达量在90日龄最低。2.通过对180日龄确山黑猪和约克夏猪脾脏组织的m RNA测序,获得1283个差异表达基因,其中,1036个基因在确山黑猪上表达下调,247个基因表达上调,与免疫相关的差异表达基因有368个。GO富集分析显示,免疫系统过程是生物过程中最显著的term,其中与免疫相关的term有抗原加工和展示、免疫系统调节;ECM受体富集通路和粘着斑是KEGG分析中最显著的pathway,均与免疫功能相关。3.EGFL6基因在不同品种猪脾脏组织中表达差异极显著(P<0.01)。通过克隆EGFL6基因的CDS区,并进行生物信息学分析和表达谱构建。结果表明EGFL6基因CDS区长1665 bp,编码554个氨基酸;EGFL6为亲水性分泌蛋白,无跨膜结构,二级结构以无规则卷曲为主。荧光定量结果表明,EGFL6基因在确山黑猪脾脏的表达量显著高于约克夏猪(P<0.01)。除大脑、背最长肌和皮下脂肪三个组织外,EGFL6基因在确山黑猪的表达量显著高于180日龄约克夏猪(P<0.05)。在约克夏猪三个不同发育阶段中,EGFL6基因在7日龄各组织上的表达与90日龄、180日龄之间均存在显著差异(P<0.05);除脾脏、小肠、大脑外,EGFL6基因在90日龄、180日龄各组织间不存在显著差异(P>0.05)。综上所述,西方引进品种约克夏和河南本地猪确山黑猪之间,以及不同发育阶段约克夏猪之间确实存在着免疫基因差异,文中所筛选的免疫相关基因,能否成为免疫标记基因,仍需下一步的研究。