2017年行政诉讼法的修改,将检察机关提起行政公益诉讼进一步在制度层面予以规定,为检察机关提起行政公益诉讼又加了一个保障。举证是诉讼中的重要环节,但行政公益诉讼制度目前的设计尚不全面,导致在司法实践的举证过程中没有形成一致性。行政公益诉讼中的举证有何不同,举证责任的分配等一系列问题具体如何设置还需要进一步从制度、理论和实践上进一步考察。目前理论界的研究未能很好地与实际相结合,仅局限于对举证责任的研究,并将落脚点更多地放在“举证责任倒置”还是“谁主张,谁举证”的研究上,本文在关注举证责任规则的同时将眼光更多地聚焦在制度的设计和实践的运用上,通过这种做法能够得到更真实客观的结论。制度上对行政公益诉讼举证的建构,可以看出目前仅对检察机关举证的有关内容做了部分规定,并未提及行政机关和第三人的举证;并且对于检察机关的举证规定最高人民检察院和最高人民法院的态度也是不同的;将相较于民事公益诉讼和一般行政诉讼中的举证,行政公益诉讼有其特殊性。司法实践中的案例举证的特点包括:检察机关提供的证据比重较高且种类多,虽然在部分案件中行政机关也出示了不少的证据,但是往往难以达到其证明目的,证明对象不明确,在部分案件之中有的法院没有明确争议焦点,使得双方在举证的过程中并不能很好的进行对抗。在基本了解案件和举证情况之后,又对检察机关、行政机关、第三人在举证进行了更为细致的分析。从中可以发现:规范与实践中举证存在偏差、受损公益证明不清、符合法定条件的证明内容不一、行政机关对于证明内容把握不准、行政机关的证据采信度低等问题,法院在证据采纳方面所呈现的态度,在证据认证之间的差异以及判决的重要依据和第三人的举证情况。基于以上情况,从以下几个方面对行政公益诉讼中的举证问题予以完善:其一是对于证明内容进行完善,包括行政不作为举证责任应当由行政机关来承担,受损公共利益的证明应当予以重视同时对于受损利益鉴定方面的完善;其二是完善对不同主体的举证,对于检察机关最重要的就是调查取证权的完善,行政机关则需要通过司法解释或者指导案例的形式进一步完善举证内容,以及对于第三人的举证应当在行政公益诉讼中进一步确定其作用。