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为了摸清山东地区近年来猪繁殖障碍疾病对猪群健康的危害,建立了可鉴别猪瘟病毒野毒株和兔化弱毒疫苗株RT-PCR-RFLP检测方法,可区分高致病性PRRSV和经典PRRSV的RT-PCR方法,PCV2和PRV野毒的单重PCR和CSFV、 PRRSV、 PCV2和PRV多重PCR检测方法。通过对山东地区2010-2012年的分子流行病学调查和部分基因的遗传演化分析,揭示当前该省猪群疫病的分子衍化规律和分子流行病学本底,并为制定山东省猪群疫病防控规划提供参考依据。参照GenBank收录的CSFV、 PRRSV、 PCV2和PRV基因组序列,设计四对特异性引物,结果CSFV RT-PCR扩增片段为825bp,产物经RFLP分析,野毒株的PCR产物能被Apal酶切为322bp和503bp两个片段；高致病性PRRSV预期产物406bp,经典低致病性毒株预期产物496bp。临床应用,单重PCR和多重PCR检测的阳性数符合率高达94.5%。应用ELISA和PCR方法检测了2010-2012年来自于山东地区不同区域养殖场288份血清、658份送检病料和全血样品中的CSF、 PRRS、 PCV2、 PR的抗原和抗体。结果显示,CSF、 PRRS、 PCV2和PR抗体阳性率分别为62.32%、70.81%、76.56%和75.76%。CSFV、 PRRSV、 PCV2和PRV抗原阳性率别为30.85%、58.35%、60.03%和15.65%；混合感染CSFV和PRRSV阳性率18.24%；混合感染PRRSV和PCV2阳性率36.47%,值得关注的是在检出的384份PRRSV阳性病料中就有240份PCV2检出,PRRSV与PCV2的混合感染率可达到62.50%。PRRS和PCV2之间存在着很强的正相关关系(P=0.010),相关系数为0.823；即当PRRS与PCV2的流行率同时升高或同时下降。PCV2与PR之间存在着较强的正相关关系(P=0.045),相关系数为0.637。PCV2与CSF之间、PR与CSF之间存在着较弱的负相关关系,当PR流行率升高时,CSF滞后于PR的流行,或者,PR的流行影响这未来几个月CSF的流行,但是这种影响是不显著的。对山东部分地区的分离CSFV的EO基因、PRRSV的ORF5基因、PCV2全基因扩增、克隆和测序,用DNAStar软件分析所测序列。结果表明：山东8株流行野毒株除SD13为2.1a群外,其余都为2.1b群,与Shimen、 HCLV和Brescia等国外经典毒株(基因1群)遗传关系较远,山东猪瘟流行毒株正朝着远离疫苗毒的方向演变。通过EO基因RNase活性区、细胞表位序列的比较分析,所测8株流行株的RNase活性区序列EWNKHGWC(aa75-aa82)高度保守,推测这些毒株EO蛋白在空间结构上不会有太大的差异。EO基因有两个细胞表位,TWFGAYA这个B细胞表位在8个流行毒株及22个参考毒株中均保守,抗原表位基序DKN有变异：在8个流行毒株中有1株为DNN,1群参考毒株为DKD。分离到的14个山东流行株部分NSP2、ORF5基因与国内代表株国内变异株JXA1的核苷酸同源性分别为95.7-99.2%,98.6-99.7%,而与欧洲代表株LV的同源性分别28.6-30.6%、65.3-66.2%。进化树分析表明2010-2012山东地区流行的PRRSV毒株仍属北美洲亚群1,它们与国内2006年-2010年间的分离株亲缘关系较近,而与更早的分离株和疫苗MLV株亲缘关系较远。NSP2和ORF5的主要抗原表位有变异,这些变异与目前HP-PRRSV是否有关系有待进一步证明。PCV2全基因测序表明PCV2b是目前我省流行株,与国内流行株一致,PCV2基因型与地域无明显相关性。国内流行的圆环病毒的遗传演化规律为PCV2a型→PCV2b型。本研究通过对山东地区CSFV的EO、PRRSV的NSP2、ORF5和PCV2的全基因的变异性分析,了解2010-2012年PRRSV在山东地区的变异情况,为猪繁殖障碍疾病的防控以及疫苗的免疫提供了理论基础。