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异源六倍化是普通小麦（Triticum aestivum L.）物种形成的关键事件，也是普通小麦具有较强环境适应性的原因之一。最近的一项研究表明，异源六倍化导致小麦基因组中反转座子Veju侧翼序列发生了大规模的遗传和表观遗传变异。但这一结果的普遍性及其在普通小麦物种形成中的可能贡献尚不清楚。 为进一步探讨异源六倍化诱导产生的遗传和表观遗传变异的普遍性及其对普通小麦物种形成的可能贡献，以四套独立合成的，染色体构成与普通小麦T.aestivum L.相同的异源六倍体小麦为实验材料，进行了本文研究。首先利用多色基因组原位杂交技术(mc-GISH)从其中三套新合成的异源六倍体小麦材料中选取染色体水平上稳定（不含非整倍体及基因组间异位）植株，而另一套材料中选取了非整倍体植株。随后，分别利用多种分子标记技术（包括转座子展示、AFLP、甲基化敏感座子展示和MSAP）对所选取植株的反转座子Veju和BARE-1侧翼序列及全基因组大量随机位点的遗传和基于DNA甲基化的表观遗传稳定性进行了系统研究。结果表明:(1)异源六倍体小麦形成早期，非整倍体个体出现的概率较低;(2)在染色体数目稳定的个体中，反转座子Veju和BARE-1的侧翼序列只发生了极少量的序列变异，而在基因组大量随机位点上几乎不存在序列变异，说明异源六倍体小麦形成早期的基因组具有高度的结构稳定性;(3)在反转座子Veju和BARE-1的侧翼序列及全基因组随机位点上均发生了大量的DNA甲基化变异，而且这些变异以较高频率遗传给后代;(4)对DNA甲基化变异位点的重亚硫酸盐测序证实了其真实性。 为了探究异源六倍体小麦形成早期基因组表现为遗传稳定而表观遗传不稳定性的可能原因，运用实时定量PCR技术，分别对维持基因组稳定性的细胞周期检控点基因(Cell cycle checkpoint)，错配修复基因(Mismatch repair)以及参与染色质表观调控的主要基因进行了基因表达研究。结果表明，相对于二倍体和四倍体亲本，在新形成的异源六倍体小麦中，这三大类基因的表达量均表现为明显上调，暗示其与基因组遗传稳定性和表观遗传重构的可能关系。 本文研究结果表明，异源多倍化诱导的与基因组遗传稳定性相伴发生的可遗传表观遗传变异可能在多倍体物种形成中具有重要意义。