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全球范围内两栖动物种群已呈衰退趋势,保护形势严峻。两栖动物非常适合于种群动态和保护生物学相关问题的研究,一直被作为生态环境监测的重要指示类群。对于中国境内的大多数无尾两栖动物而言,生物多样性保护优先区的确定和评估都缺乏基础数据,同时由于两栖动物相对较弱的迁徙能力,针对一些中国特有种的研究具有重要的研究价值。棘胸蛙（Paa spinosa）,广泛分布于我国长江以南,少量分布于越南北部地区。棘胸蛙具有很高的营养价值,是国内重要的养殖蛙类之一,但是野生种群破坏严重,是中国境内的珍稀濒危保护动物,同时也是世界自然保护联盟（IUCN）评估的全球性易危种。针对棘胸蛙的遗传标记开发和种群遗传研究既有助于该物种的保护,也是开展中国两栖动物系统地理研究的基础性研究。本文应用微卫星分子标记研究13个棘胸蛙地理种群的遗传多样性和遗传结构,主要研究内容如下:利用磁珠富集法从棘胸蛙富集文库中成功筛选出15个微卫星高度多态性位点。位点平均等位基因数目为9-23,观测杂合度和期望杂合度分别为0.393-0.906和0.432-0.955。这些多态性标记将为棘胸蛙种群的遗传多样性,种群遗传结构,基因流,亲子鉴定等研究提供一个有力的工具。利用已筛选的12个多态性微卫星标记评价了分布区内13个自然种群共210个样本的遗传多样性和遗传分化。分析结果显示,棘胸蛙群体的遗传多样性非常丰富,在所有的12个位点上共扩增得到206个等位基因,平均每个位点扩增得到17.15个。群体的平均期望杂合度分别为0.7212（0.676-0.892）。不同的地理群体之间有较大的遗传分化(FST=0.114)。采用基于贝叶斯法的聚类算法分析数据,显示本实验涉及的样本由中国西部、中国中部、中国东部三个遗传单元构成。采用邻接法分析并构建系统发生树也支持上述结果。各遗传单元和其地理分布基本一致。分子变异分析（AMOVA）显示各个遗传单元具有高度的遗传差异,并且各单元之间显示较低的基因流。同时在在12个座位中,我们发现多个等位基因为某单元所特有,揭示了各遗传单元之间可能存在生殖隔离。瓶颈效应分析表明有五个自然种群存在遗传瓶颈。本研究所得的微卫星数据能够清晰的区分三个遗传单元,支持棘胸蛙种群内存在隐种的判断。虽然对于棘胸蛙存在隐种的判断还需要更多的证据,但是我们的研究支持将中国境内的三个遗传分支划分为三个不同的进化显著单元（ESU）加以管理和保护。