在城镇建设加快和供给侧结构性改革大力推进的情形下,探讨城市房屋征收和补偿制度在学术界和实务界都有重要价值。本篇文章在分析我国城市房屋征收与补偿制度实施现状的前提下,通过对比行政法规和地方规章中有关房屋征收补偿制度中的违法建筑问题,并针对新颁布的《南京市国有土地上房屋征收与补偿办法》的亮点之处,从违法建筑的补偿问题、认定违法建筑的公民参与问题、违法建筑的司法强迁问题等三个问题入手具体探讨我国违法建筑补偿制度。本文研究在2017年《南京市国有土地上房屋征收与补偿办法》新增加内容的基础上进行论证,采取了案例分析、比较分析等研究方法,辅之以中国裁判文书网中的相关案例,对其中存在的若干问题加以分析,从而找出问题症结所在以及要完善的方向。本文的段落结构如下.:第一部分,明晰了城市房屋征收补偿和违法建筑的概念,指出在房屋征收补偿中违法建筑的形成原因,进而梳理并引出违法建筑补偿问题、认定违法建筑的公民参与问题、违法建筑的司法强迁问题。第二部分,就违法建筑不予补偿的规定,首先,分析城市房屋征收中违法建筑的现实问题;然后,通过对违法建筑私权属性进行理性界定;最后提出处理违法建筑的区别对待措施。第三部分,探讨城市房屋征收中认定违法建筑的公民参与问题,在分析公民参与的概念和认定违法建筑中公民参与存在问题之后,进而提出构建城市房屋征收中认定违法建筑的公民参与机制。第四部分,在对违法建筑的司法强迁进行理论概述与合理性分析的基础上予以反思,从必要性分析、完善立法举措、构建裁执分离模式三个方面提出建立和完善违法建筑的司法强迁制度建议。