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稻瘟病是世界性水稻病害。病原菌致病类型的多样性和变异性使得防治该病极为困难。水稻抗病品种是防治水稻稻瘟病最为有效的防治措施,但仅具单一抗病基因的品种在种植几个生长季节后往往就变为感病品种,多个抗病基因品种的选育常因基因间的掩盖作用而难于实现。此外,新的致病菌株来源于老菌株的证据还不充分。这就要求从分子水平上证明病菌的进化关系并进而促进辅助抗病育种工作。本论文系统介绍了稻瘟病菌的研究和抗病育种进展,利用CO39 近等基因系和累加系及分子生物学技术,研究了稻瘟病菌的定向突变频率、菌株进化关系、竞争适合度和培育抗病基因累加系。1.4 个分属宗亲群4、7、17 和44 的菌株连续接种在CO39 的单基因系和基因累加系上,经过13 轮接种循环,共计产生306,531 个病斑,获得9 个适应性新菌株（简称新菌株）。结果表明,对不同抗病基因的菌株突变频率不同,9个新菌株中有8个Av-1+菌株和1个Av-4a+菌株,针对Pi-1, Pi-2 和Pi-4a 突变频率分别为1.04×10-4,0 和1.23×10-7。菌株的突变频率不同,PO6-6,9239-4,101-7-2-1-1 和9248-6 的突变频率分别为0,2.5×10-5,9.09×10-5 和2.82×10-5。2.通过突变菌株和田间系统采集的菌株的致病性分析,证明抗病基因Pi-1 和Pi-k 可能是同一个抗病基因。3.用Pot2-PCR,PMC-PCR,MGR586-RFLP,RAPD 和AFLP 技术分析温室获得的9个新菌株,结果表明,新菌株与亲本菌株的指纹关系清晰,排除了外来菌株迁入的可能性,证实了菌株的定向选择。6 个菌株Pot2-PCR 指纹没有变化,3 个菌株分别缺失1、2 和3 条带。5 个菌株的PMC1-PCR 指纹与亲本菌株一致,4 个菌株缺失1 条带;8 个菌株的MGR586-RFLP 指纹与亲本菌株相同,1 个菌株缺失1 条带;9 条RAPD 随机引物和29 对AFLP引物扩增的指纹清晰地揭示新菌株来自各自亲本菌株;3条RAPD引物可把新菌株LC1（4）57-4 与其亲本菌株101-7-2-1-1 和其他新菌株区别开来;30 对AFLP 引物揭示新菌株HC0（3）PKT 比其亲本菌株9239-4 缺失1-3 条带;92S08/92G08 引物对揭示3 个来自9248-6的菌株与其亲本菌株相比,缺失1 条带。4.Pot2-PCR 指纹揭示DNA 宗亲群与菌株来源品种抗病基因密切相关。DNA 指纹和致病性的结果表明,侵染Pi-1 和Pi-2 累加系的田间菌株B97414 可能起源于侵染带Pi-2 品种的菌株。5.菌株致病性发生变异的同时,也伴随着其他性状的改变。以Pot2-PCR 标记直接测定竞争适合度的结果表明,菌株在水稻品种上的竞争适合度不相同。在抗病品种上产孢能力强的突变菌株易于占优势。6.以CO39 近等基因系C104PKT（Pi-3）与A57-119（Pi-1,2）为亲本,利用菌株接种和分子标记辅助选择方法,培育出了3 组13 个近等基因累加系。各组分别携带抗病基因Pi-1,3,Pi-2,3 和Pi-1,2,3。携带Pi-3 的近等基因累加系在自然病圃中高抗稻瘟病。