保护生物地理学(Conservation biogeography)就是运用生物地理学的原理、理论和分析方法,特别是那些有关物种分布格局的信息,去解决生物多样性保护的相关问题,是当前生物多样性及其保护生物学研究领域的热点。通过构建中国蕨类植物物种及分布数据库得知,中国现有蕨类植物63科,221属,2456种,其中有1218种属于中国特有(中国蕨类总数约50％),3种蕨类植物为外来种。科的统计表明:最大的科为鳞毛蕨科、蹄盖蕨科、金星蕨科和水龙骨科4个科所包含的种类占全国总种数的51.5％。鳞毛蕨科、蹄盖蕨科、金星蕨科、水龙骨科、铁角蕨科、凤尾蕨科、碗蕨科、中国蕨科、叉蕨科、观音座莲科等十个大科所含种数占了中国特有种总数的80％。云南、四川、贵州、广西、台湾、湖南、西藏等省区是中国蕨类植物种类数量及中国特有种数量较多的地区；全国有22个省区拥有地方特有种,地方特有蕨类植物数量由西向东、由南向北逐渐递减,云南、台湾、西藏、海南等四省区的地方特有蕨类植物种数占各省区蕨类植物总数10％以上,反映了青藏高原隆起及岛屿现象对中国特有蕨类植物分化的影响。中国蕨类植物与各地理、环境及气候因子的相关性分析结果表明：①随着经度、纬度的增加,蕨类植物物种总数及中国特有蕨类植物总数具有减少的趋势；②蕨类植物在海拔1000-1600米之间、特有蕨类植物在海拔700-2100米之间具有最大的多样性,此区间外随着海拔的降低及升高,物种丰富度依次降低；③气候因子特别是一月均温、年均温、相对湿度、年降雨量等因素对蕨类植物及中国特有蕨类植物均具有较大的影响,与最热月均温成低度线性相关或相关不显著；④地形因子是影响蕨类植物多样性的一个独立因素,地形条件越复杂,蕨类植物种类及中国特有蕨类植物种类越丰富。　　 本文运用SPSS统计分析软件分析了中国蕨类植物在各省之间种的相似性,以省区为单元对中国各省区蕨类植物物种组成进行了聚类分析,最后结果划分成：南方蕨类植物区(包括横断山-青臧高原亚区、华中亚区、华东亚区、华南亚区)和北方蕨类植物区(包括东北-华北-西北亚区、秦岭亚区、江淮亚区)。中国蕨类植物区系地理成分分析结果表明：⑴中国—喜马拉雅分布(40.86％)、热带亚洲分布(30.95％)、东亚分布(12.77％)和中国-日本分布(8.24％)构成中国蕨类植物区系成分的主体；在洲际关系方面,中国蕨类植物与大洋洲的蕨类植物关系最为紧密,共有种最多,达94种；与南美洲共有的蕨类植物种类最少,仅32种。⑵基于地理成分的聚类分析结果表明,可将我国蕨类植物区系地理区划为代表温带亚洲成分的(特别是中亚、西亚地中海分布成分)西北温带亚洲植物区、代表古热带成分的华南古热带植物区和代表广义东亚成分的东亚植物区,东亚植物区可继续下分为中国东北—俄罗斯远东亚区(该区分布有大量的东亚-北美间断分布类型)、中国-日本植物亚区、中国—喜马拉雅植物亚区。运用IUCN濒危物种等级对中国蕨类植物及其国家重点保护蕨类植物进行了现状评估,结果表明:可能灭绝(EX)的2种,极危(CR)的蕨类植物有33种,属于濒危(EN)的蕨类植物51种,属于易危(VU)的蕨类植物有109种,接近受危(NT)的蕨类植物158种,需予关注(LC)的845种,数据不足(DD)的1255种。对国家重点保护蕨类植物的保护级别提出部分变更的建议,对部分没有列入保护名录珍稀蕨类提出保护的建议,并就建议保护级别变更和增加保护的种类进行了必要的说明。