本文以明中叶至清前期海洋管理中朝廷与地方的关系为研究对象,将包括月港、厦门港、鹿耳门港在内的闽台海港纳入到海洋管理的范畴内,探讨海乱过后,明清两朝中央政府在中原王朝体制之下所作出的因应措施。同时,围绕明代海澄(月港)舶税征收制度化、清代禁南洋案和闽台对渡贸易三个主题,分别对月港、厦门港和鹿耳门港做个案分析,展现此三个海港具体运作中地方海洋社会的生动场景,并通过比较分析,力图揭示:在明中叶至清前期海洋管理制度之下,中央朝廷与地方官府、地方海洋社会之间的复杂关系,从中透视明清两朝政府在边疆治理问题上的得失。明中叶以后,中国东南沿海地区海洋活动日益频繁,海洋管理问题逐渐成为中央王朝不可回避的重要议题。本时期的闽台海港在进入中央王朝统治视野之前,均已存在自己的运作系统,地方海洋社会已有了一定的发展规模。海乱是海港发展的一个重要契机。在中原王朝体制之下,明清两朝政府加强了军事上和行政上的管理,并实行开海贸易。此后,在各种因素的影响下,海洋管理制度不断得到调整,以因应形势的发展。通过分析论证,我们看到了明清两朝政府在海洋管理中运用了严厉控制与温和协调两种方式,在实践中显示出一步步摸索的轨迹,其成效也日益显现。海洋管理制度的演变与从事海疆管理的实践者的个人努力关系密切。