随着南水北调东线工程一期工程的即将供水，东线工程沿线的治污工作也在加紧步伐。南四湖是南水北调东线工程的重要调蓄水库，自工程开工以来，为达到国家对于沿线Ⅲ类水质的要求，南四湖流域内各级政府为此投入了大量的人力、物力进行流域内污染治理和生态建设项目，减缓了当地的经济发展速度，当地居民收入水平也因此受到影响，为了区域发展的公平性，有必要对流域内由于工程实施而造成较大损失的企业或个人给予相当的补偿。本文的主要研究内容如下：（1）分析了流域生态补偿的理论基础，生态服务具有公共物品，外部性等特征，生态补偿要综合运用政府、企业、居民之间的博弈论，各级政府的财政转移支付，照顾区域发展效率与公平理论，实现区域可持续发展理论等。通过国内外生态补偿研究的分析，可以看出目前生态补偿的量化问题是关键，关于生态补偿标准的计算，尽管存在着多种方法，但他们各自自成体系，并没有统一的标准，如何科学、合理的评价生态服务功能，确定合理的生态补偿标准是未来生态补偿研究的重点。另外生态补偿原则为确认生态补偿的责任主体和范围提供了原则依据，但是由于生态系统本身的复杂性，实践中具体操作却并非易事，如何确定生态补偿主题和范围，也是生态补偿研究未来的方向。总结了国内外生态补偿的实践经验，得出国外对于流域补偿涉及范围较小，补偿对象比较明确的，一般采用的是市场交易模式，而对大的流域的生态补偿，由于跨区域或行政区，涉及的范围较广，一般采用的是政府主导模式。（2）在对南四湖流域社会经济生态现状分析的基础上，认为为了南水北调东线工程的顺利实施，长久运行，为了流域当地经济的健康发展，为了区域发展的协调，有必要构建南四湖流域生态补偿机制，在当前的南四湖流域生态补偿中还存在着诸如补偿范围较小，补偿资金较低的问题。分析生态补偿存在问题，结合理论分析及国内外生态补偿实践经验，提出了南四湖流域生态补偿的对象，补偿的依据与原则，对南四湖流域生态系统服务价值进行了估算，基于重置成本法的南四湖流域生态补偿标准，并基于CVM法，根据调查得到的居民支付意愿（WTP）估算了流域生态补偿的总金额，但是这个金额是比较少的，需要积极申请中央和山东省的财政支持。（3）研究认为南四湖流域生态补偿机制的实施应以政府主导的模式为主，积极探索市场交易模式，流域内要建立全流域生态共建共享机制，完善财政转移支付，建立生态补偿长效机制，探索流域生态补偿的市场化运转机制，推进流域内“异地开发”政策，政府要制定南四湖流域产业发展规划，防治南四湖水质再次污染。南四湖流域生态补偿资金的来源和综合管理要设立专门的机构——南四湖流域管理局，要建立流域生态补偿的专项立法，使流域生态补偿有法可依，建立南四湖流域水质监测体系为流域生态补偿的财政转移支付提供依据，水污染预防机制保证流域水质安全。