元代的司法体制继承宋、金旧制,司法任务由各级地方官府承担,司法与行政之间没有明确的分野。但元代诉讼正式被单独纳入元代法律典籍中,开启了中国古代历史上重视司法诉讼程序的新篇章。不仅在司法审判领域,在整个诉讼过程中司法程序得到应有重视。元代的拘捕强制程序、证据收集、审判、执行、诉讼及司法监督程序都有明确的法律规定。元代强制措施与当今有所不同,但仍有很多类似之处。元代强制措施包括逮捕、囚禁、追摄（勾取）、勾问和保候等。逮捕和囚禁是强制性较强的措施,保候是最为温和的一种方式。相对而言,追摄和勾问强度较小。对于年老幼疾、孕妇及罪行轻微者,元代施行召保在外等措施。元代重视物证收集,司法检验进一步制度化和专业化,仵作成为司法检验的主要角色,发展成为一种职役;元朝法律文书进一步规制化、合理化,对赃物、赃仗、作案痕迹的勘验都有了明确规范。元代审判主体的多元化和审理层级权限分工明确是审判的突出特点。元代户口构成与管理比较复杂,除民户归属地方政府管辖外,其它户计各有其管理机构。多元司法管辖的制度设计,既保证了国家对重大案件的掌控,亦使州、县等基层地方政府与各户计管理机构之间形成权力制衡,也能照顾到诸色户计的切身利益。相比唐宋,元代地方的审判权限缩小,重刑案件有拟断权无决断权,徒刑以上案件要经廉访司、刑部、中书省覆审,死刑要奏报皇帝,经皇帝核准。元代地方官承担了元代大部分案件的审理和拟断。地方路府出现专理刑狱的推官,省府设置理问官,是司法向专职化方向发展趋势的体现,具有一定科学性,但对司法事务实行官员集体圆署制一定程度上又阻碍了这种专业性的发挥。代理是元代诉讼中对官员、老疾幼小及妇女等不便参与诉讼者,所采取的由其有代理权限的近亲属替代诉讼的一种司法诉讼措施,元代正式确立为一种制度。约会制度是元代对当时多民族和审判权限不统一状况所采取的针对性措施,顾及了各民族的利益关切,具有开创性意义。在司法程序上,年老幼疾、妇女及官员（包括休致官员）的诉讼由亲属代诉;各户计内部的户婚田土等案件,归其所属管理机构管辖,不同户计之间争讼则由双方约会。对于刑名重事,则一概由有司审断。针对元代审判和执行中的冤假错案问题,元朝规定了上诉、越诉和直诉机制。在符合程序的情况下,击登闻鼓,甚至可以拦御驾,一直诉到最高统治者皇帝那里。元代在司法程序的各阶段都存在弊端。为此,元政府设置较为系统的司法监督体制,监察系统对诉讼案件受理、案犯逮捕及监禁、检验、审理、判决、执行等各个环节进行严密外部监督。通过录囚、刷卷、受理上诉、复核重刑以及对监狱的管理,监察官员对狱讼违错和淹滞进行纠治和改正,同时对相关渎职官员进行惩处。其次,行政系统内部还存在同级或至上而下的监督。另外,还有官员个人及民间有识之士的民意监督。最后,元朝统治者设定了对监察机关的监督体制。元代司法规定和实际的运作存在一定的差距,一方面,有其深层次的制度因素,“情”、“理”、“法”交错影响不可低估。另一方面,植根于官员和民众心目中的儒家伦理思想和官员个性亦起到很大的影响。元朝民众的诉讼意识明显增强。元朝政府重视利用基层社长、耆老、士人的调解作用。调解成为了除正式诉讼程序外,司法程序的必要补充手段。