区域经济一体化是当今世界经济发展的两大趋势之一,也已经成为我国经济发展的主要方向。在区域经济一体化的背景下,以政府流程再造理论为指导推进政府机构改革,成为当前我国各级政府部门的普遍共识。笔者在分析国内外海关机构改革研究现状的基础上,提出在海关区域通关一体化业务改革的背景下,以“政府流程再造”理论为指导,对海关基本管理流程和基本作业流程进行重新设计,为构建具有中国特色的海关管理制度进行理论思考和实践探索。本文从阐述政府流程再造理论的内涵和特征出发,分析区域通关一体化对海关基本管理和基本作业流程的影响,指出海关机构改革是顺应流程变革的必然选择。在此基础上,以南宁海关为例,采取问卷调查、个案研究以及实地座谈调研等实证研究方法,分析区域通关一体化背景下南宁海关机构设置存在的问题,对比、借鉴美国、香港海关组织机构设置的做法,从优化、重构综合、监管、缉私、后勤四个方面作业流程入手,提出了南宁海关机构改革的实现途径。本文的创新之处在于,吸收借鉴政府流程再造理论的核心原理,注重从实证角度分析海关推进机构改革中面临的现实障碍,提出政府流程再造理论在海关机构改革中发挥作用的途径。在政府流程再造理论的视角下对海关机构改革进行研究在海关系统尚属空白,这不仅是对政府流程再造理论研究的实证补充,也是对海关机构改革理念和制度的创新。