由于新《合伙企业法》允许外国主体成为我国合伙企业中适格的有限合伙人,有限合伙制私募股权基金的架构变得更加复杂,这为现行合伙企业相关的所得税税率适用带来了更大的挑战。例如,境外法人合伙人取得从合伙企业分回的、被投资企业分配的股息、红利时,该笔收入的性质应当保持不变,抑或是视为合伙企业的生产经营所得,我国目前未有清晰的界定。境外法人合伙人的机构场所认定、常设机构认定规则对于我国征税权的确定、以及境外法人合伙人能否享受税收协定优惠的判断至关重要,需要出台相应的政策予以填补。这三个模糊点对境外法人合伙人适用税率的确定造成了一定阻碍,为达到完善合伙税制的目的,需要分别从这三个不同层面对境外法人合伙人进行分析。首先,本文以合伙制私募股权投资基金为背景,介绍了境外法人合伙人、机构场所与常设机构、积极所得与消极所得的含义,然后从集合理论、委托代理理论与实质重于形式原则出发,为进一步研究境外法人合伙人税率适用问题提供理论支撑。其次,本文总结了我国境外法人合伙人适用税率认定现状中的课税困境,指出了其存在的常设机构认定规则缺失、收入认定存在争议、有限合伙人名义上无法参与经营等问题,并探索课税困境的成因。在此基础上,本文回归《OECD范本》和《UN范本》对常设机构的规定,结合我国现行税法对于合伙企业所采取的理论观点,考虑横向公平、经济实质、税收管辖权等因素,提出新的税率认定规则。再次,本文选择将杭州“A基金”作为案例,首先阐明A基金的外部架构、内部治理机制,随后在此基础上对该基金的具体投资项目进行案例分析,分三步讨论案例当中存在的税收争议。最后,本文根据理论研究、困境分析、案例思考的过程,提出了明确合伙企业的法律主体地位、完善合伙企业常设机构认定规则、适当放宽有限合伙人的权限限制三个针对性的建议。本文探讨机构场所、常设机构与收入性质认定在私募基金税率认定中的运用,能丰富我国常设机构和合伙企业的理论研究,在此基础上提出的私募基金税率认定规则,一方面有助于税务机关进一步了解合伙企业架构以及常设机构认定对税收收入的影响,对识别境外法人合伙人的常设机构提供参考;另一方面有利于维护实质课税,促进税收公平,维持国内统一市场的公平竞争环境。