本文作者在大量实地调查的基础上,从实测的800余个菊花品种中选择出106个利用数量分类学方法对形态测试中各性状的稳定性及变异规律进行分析。应用变异系数及主成份分析的方法对菊花品种形态性状的分析表明:在所观测菊花的57个性状中有19个性状表现出很高的品种内一致性及品种间特异性,这些性状可以用于菊花品种的分类与鉴定,进一步的研究中可以用饰变的方法找到在菊花品种中间断变异的稳定性状。本研究应用UPGMA法对106个菊花品种进行聚类分析的结果表明:所选择的106个菊花品种基本可以按照各个不同的瓣型及花型分开,与前人的研究结果不同,本研究中花型与瓣型基本处在同一分类等级中。说明菊花在瓣型及花型进化中也存在协同进化的现象,在品种分类中需要综合考虑。所选择的日本品种群与中国品种群基本上聚类在一起,没有单独分开。AFLP分子标记分析结果显示:相同瓣型的品种基本上聚类在一起;在所选择的5个菊属植物中,毛华菊最早聚入各品种菊中,并首先与翻卷型或球型等重瓣性较高的品种聚类在一起,这与传统的研究存在一定的差异,但是也说明了花型网状进化的问题;畸瓣类比较集中地聚类在一起;匙瓣类的品种分散聚类在了管瓣类与平瓣类品种之中。分子标记的分类结果与形态学的研究结果基本一致。但是在花型的分类地位与日本品种的聚类关系上表现出一定的差异。现有的分类系统有必要在第一级分类标准中引入花型性状的相关因素。应用形态学及分子标记的聚类结果进行分组,按照平方根法取样构建菊花的核心种质,并依据遗传多样性系数和遗传丰富度进行调整,检验的结果表明,初选核心种质比较好的代表了试验品种的遗传多样性。