质体基因转录依赖于核基因编码的RNA聚合酶(NEP)和质体基因编码的RNA聚合酶(PEP)。PEP依赖的基因表达对叶绿体发育至关重要，在时空上受核基因编码的蛋白所调节。到目前为止，我们对这些参与调节质体基因表达的因子以及它们的作用机理知之甚少。在本研究中，我们鉴定了鉴定了一个在拟南芥生长早期调控叶绿体发育的PPR(pentatricopeptide repeat)蛋白，命名为Yellow Seedling1(YS1)。突变体ys1在生长早期叶片呈现黄化的表型，色素积累明显减少，但能逐渐转绿。生长3周后，ys1叶片中叶绿素含量能完全恢复到野生型水平。叶绿素荧光分析表明，生长8天的突变体幼苗的PSⅠ和PSⅡ活性明显降低。叶绿体超微结构显示突变体早期类囊体膜发育异常。通过蓝绿温和胶电泳以及蔗糖密度梯度离心分离光合色素复合体，结果显示突变体ys1中光合色素复合体积累（PSⅠ，PSⅡ和Cyt b6/f复合体）明显减少，天线色素复合体组装受到影响。　　类囊体膜蛋白免疫印迹分析表明，除蛋白AtpB外，叶绿体基因编码的蛋白都有不同程度的减少，而核基因编码的叶绿体蛋白不受影响。用核酸杂交和多聚核糖体实验结果证明了质体基因编码的蛋白积累的下降不是由于翻译起始水平影响造成的。进一步分析表明，突变体幼苗中PEP依赖的基因转录明显降低，NEP依赖的基因转录明显增加，而编码产物定位于叶绿体的核基因转录不受影响。此外，突变体中一组质体trn基因包括偶联蛋白质合成和叶绿素合成的trnE基因转录显著下调。对质体基因组中所有的RNA编辑位点分析表明突变体中RNA编辑不受影响。综合以上结果，我们推测PPR蛋白YS1可能通过调控PEP活性影响叶绿体发育。