本研究以关中驴、德州驴、佳米驴、西吉驴、滚沙驴、泌阳驴、庆阳驴、太行驴、新疆驴和蒙古驴共10个家驴品种总计415份样品为研究对象,利用10个微卫星标记分析了品种内和品种间的遗传多态性。计算了多态信息含量、期望杂合度和有效等位基因数,得到了由Nei氏遗传距离和标准遗传距离为基础的NJ聚类图。结果表明:1. 10对微卫星引物中,HTG7,HTG10,AHT4,HTG6,HMS6,HMS3共6个位点具有高度多态性(PIC>0.5),HMS7位点具有中度多态性,其余3个微卫星座位(HMS1, HTG4和HMS5)为单态。2. 10个家驴品种在7个多态位点的平均PIC、H、E分别为0.7642、0.8072、5.9911。说明中国家驴在这7个位点杂合度高,多态性丰富,可作为有效的遗传标记用于驴品种之间遗传多样性和系统发生关系分析。3.聚类结果表明:10个家驴品种之间的亲缘关系基本与其地理位置相一致。其中,新疆驴,庆阳驴,西吉驴和关中驴这四个品种遗传距离最近,而且聚类关系也非常紧密,说明它们有很近的亲缘关系。蒙古驴和德州驴聚为一类,说明它们之间的基因交流比较多。