海南岛地处亚热带,具有丰富的海洋植物资源和动物资源。本文针对南海海草生态系的关键物种针叶藻(Syringodium isoetifolium (Aschers.) Dandy)和儒艮(Dugong dugon)进行主要基因克隆与序列分析。通过实验测定了针叶藻和儒艮的核糖体RNA (rRNA)基因非编码区内转录间隔区(简称ITS)和编码区编码核糖体小亚基rRNA的DNA序列(18SrDNA)的序列全长,以及儒艮的ITS2序列和线粒体DNA细胞色素b (Cytb)的序列全长,测序后产物利用DNA star中的程序进行分析整理。并将所得序列从GenBank中所获得的全球范围内其它几种物种的序列进行比对。序列的碱基组成、不同物种的种间遗传距离以及序列的比值差异的计算利用MEGA5.1软件中的Kimura双参数模型加以分析。再运用MEGA5.1软件中Kimuar2-parameter算法以邻接法(NJ模型)分析不同海草和动物的种间关系产生分子系统进化树,用Bootstrap作置信检测,Bootstrap1000次,各分支的置信度最高值为100%,分析了8种海草和9种哺乳动物之间系统发育的亲缘关系。本论文主要分以下四个部分：1,文献综述。通过查阅相关文献,收集了关于南海海草生态系及其关键物种针叶藻和儒艮的资料,并对其进行系统的综述。2,针叶藻的ITS区和18SrDNA序列和主要物种的系统发育分析。对南海海草生态系中针叶藻18SrDNA和ITS区序列进行克隆,并构建系统树进行研究探讨。3,儒艮的ITS区、18SrDNA和Cytb序列和主要物种的系统发育分析。对南海海草生态系中的哺乳动物儒艮的18SrDNA、ITS区和Cytb序列进行克隆,并构建系统树进行研究探讨。4,总结。对针叶藻和儒艮的实验结果进行讨论,得出结论：针叶藻和儒艮所提取的各序列都显示了较高的可信度,种间遗传距离和进化树所反映的结果较为一致：(1)针叶藻和丝粉藻的亲缘关系最近,同属于丝粉藻科。虾海藻和大叶藻同属于大叶藻科,波喜荡草科的波喜荡草单独分支。海菖蒲和喜盐草同属于水鳖科,同源性较高。丝粉藻科、大叶藻科以及波喜荡草科3科共同聚类为一个大的分支,同源性比较相近,而水鳖科单独分支。整体亲缘关系与海草的科属分类大致相同。(2)海牛目的儒艮和单孔目在进化上较为低等,亲缘关系较近。而偶蹄目与食肉目、鲸目共同聚类为一个大的分支,同源性较为相近,进化上较为高等。