近年来，国内外接连发生上市公司财务欺诈案，这使企业内部控制受到普遍的关注。我国企业普遍存在内部控制薄弱的问题，如何设计有效的内部控制体系是目前的当务之急。本文针对当前内部控制理论与方法中存在的缺乏对控制中“人”的因素考虑、缺乏对被控制方因素的考虑和缺乏激励机制的问题，提出运用现代契约理论研究内部控制，试图从契约理论的角度设计内部控制，为制定和完善企业内部控制规范提供借鉴，同时也试图完善和发展内部控制理论。 本文主要采用规范分析的方法，运用现代契约理论分析内部控制的本质与作用，认为内部控制本质上是一种补充机制；内部控制是降低企业内部交易费用的手段；内部控制是企业处于受控状态的稳定器；内部控制确保了利益主体的贡献和利益计量；内部控制是企业组织变革的动力。通过分析说明：内部控制与企业契约关系有密切的联系，运用契约理论进行内部控制设计是具有理论依据的，并且是可行的。 本文认为，企业内部控制中存在多重契约关系：主要是股东大会与董事会之间的基础性契约关系、董事会与经理层之间的本体性契约关系和经理层与员工之间的延伸性契约关系。通过分析每重契约关系，明确了缔约的动因、缔约的前提、契约的形式和内容设定。 根据上述分析确立了基于契约理论内部控制设计的指导思想，明确界定了本文的内部控制的内涵和目标。在此基础上，分别对基础性契约关系的内部控制、本体性契约关系的内部控制和延伸性契约关系的内部控制进行设计。设计时充分运用委托代理契约理论和不完全契约理论，分析了每种契约关系中存在的问题、冲突或契约关系存在的不完备因素，找出了控制的关键点，针对控制的关键点，设计了相应的控制制度、控制措施和控制机构及运作机制，使之达到内部控制的目标。