金融危机对我国金融体系产生巨大冲击,同时也给我国制造业造成了深刻的影响。这让欧美国家认识到“去工业化”的危害,转而提出“重回制造业时代”的战略。“四万亿”投资计划对我国的上游制造业产生了直接的刺激作用,尤其是钢铁、建材等行业,同时也造成了投资过度的问题。近年来,出口受阻、用工荒、成本上升等不利因素也困扰着我国的制造业。由于我国区域经济发展的不平衡,制造业产出存在较大的地区和省际差异。在研究总结效率理论与模型的基础上,根据DEA方法的局限性和我国各省制造业所处的不同环境,本文选取三阶段DEA模型估计我国省际制造业效率。通过二阶段Tobit模型排除环境变量和随机误差项的影响,得出比较准确的效率输出结果。选用金融危机以后即2008年—2011年30个省市的制造业数据,选用制造业总产值、利润总额作为产出指标,制造业从业人数、制造业固定资产折旧作为投入指标,选用GDP、出口、创新、工资作为环境变量。实证研究表明：我国多个省市的制造业资本投入差额值较大,劳动投入没有差额值,说明我国存在明显的投资过多问题,也证实了用工荒的存在。GDP与投入差额值存在正向关系,说明经济越发达的省市投入过多的问题就越显著；创新、出口与投入差额值成负向关系,说明这两项对制造业效率有促进作用；工资与投入差额值成负向关系,说明工资提高带来成本上升的负面作用弱于对技术创新的正面作用,工资提高有利于促进制造业效率的进步。环境因素的存在使一阶段DEA效率值低于三阶段效率值。东部地区效率低于中西部地区,在生产过程中产生的投入差额值过多,产业转移是提高我国制造业效率的有效途径。我国大多省市的制造业处于规模报酬递减阶段,急需产业结构升级来改变现有的产出结构。