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严重急性呼吸综合症(SARS)具有传染性强、死亡率高的特点，曾经严重影响了世界各国的公共健康的安全和政治经济的发展。
目前人们对SARS的致病机制了解甚少，不利于研发SARS的预防和治疗措施。SARS冠状病毒和其它冠状病毒感染后，宿主的免疫应答对机体的造成效应很复杂。研究SARS冠状病毒主要结构蛋白的免疫学特征，对研发有效的SARS治疗措施有重要意义。表位，包括B细胞表位和T细胞表位，是病毒结构蛋白的重要抗原成分，可以诱导宿主针对病毒的抗体产生和细胞免疫应答。鉴定SARS病毒蛋白的表位，有助于深入了解机体对SARS病毒的免疫反应规律和发展针对SARS病毒的免疫治疗措施。
针对N蛋白，本文采用MHC—肽亲和力预测和蛋白酶体剪切预测相结合的方法，预测HLA-A*0201限制性CTL表位；从预测结果中选取4个位于N蛋白保守区段的九肽：N(223-231)LLLDRLNQL、N(304-312)QIAQFAPSA、N(160-168)LQLPQGTTL和N(332-340)LTYHGAIKL进行合成。接着，采用表达HLA-A*0201分子且TAP缺陷的T2细胞检测候选肽与HLA-A*0201分子的结合情况。候选肽N(223-231)、N(160-168)和N(332-340)的亲和力较高(FI值分别是：1.9、1.1和1.6)，而N(304-312)仅有低度亲和力(FI值分别是：0.8)。然后，检测HLA-A2阳性的健康人外周血T细胞库中是否有候选肽特异性的前体细胞，候选肽能否将它激活。在候选肽体外刺激HLA-A*0201阳性的健康人PBMC后，用ELISPOT和51Cr释放法检测效应细胞分泌的细胞因子和杀伤活性。实验结果表明，N(223-231)和N(332-340)刺激PBMC所产生的T细胞能特异性的杀伤靶细胞(T2细胞包被相应的多肽)，并分泌较高水平的IFN-γ。为了进一步证实该表位能在体内能够被自然地被加工处理并被呈递，与T细胞相互作用，诱发特异性的CTL产生，我们用编码N蛋白的质粒pCI-neo(N)免疫HLA-A*0201分子转基因鼠；然后取免疫后鼠脾细胞作为效应细胞，用ELISPOT和51Cr释放法检测效应细胞分泌的细胞因子和杀伤活性。试验结果显示，N(223-231)诱导的效应细胞能特异性的杀伤靶细胞(J(A2/kb)cells包被相应的多肽)，并分泌较高水平的IFN-γ。最后，通过Tetramer染色，证实在用候选肽体外诱导HLA-A*0201阳性健康人PBMCs和编码N蛋白的质粒免疫HLA-A*0201转基因小鼠所产生的效应细胞中，有N(223-231)特异性的、HLA-A*0201限制性的CTLs的存在，其频率分别是2.12％和1.50％。综上所述，候选肽N(223-231)是SARS-CoVN蛋白的HLA-A*0201限制性的CTL表位。
针对SARS-CoVS蛋白，我们采用MHC—肽亲和力预测和蛋白酶体剪切预测相结合的方法预测HLA-A*0201限制性CTL表位。从预测结果中选取8个位于S蛋白保守区段的九肽：S(2-10)FIFLLFLTL、S(851-859)MIAAYTAAL、S(404-412)IADYNYKL、S(208-216)DLPSGFNTL、S(940-948)ALNTLVKQL、S(1174-1182)NLNESLIDL、S(673-681)SIVAYTMSL和S(958-966)VLNDILSRL进行合成。接着，采用表达HLA-A*0201分子且TAP缺陷的T2细胞检测候选肽与HLA-A*0201分子的结合情况。候选肽S(940-948)、S(1174-1182)、S(673-681)和S(958-966)的亲和力较高(FI值分别是：1.1、1.1、1.2和1.5)，而S(2-10)、S(851-859)、S(404-412)和S(208-216)仅有低度亲和力(FI值分别是：0.5、0.8、0.4和0.3)。然后，检测HLA-A2阳性的健康人外周血T细胞库中是否有候选肽特异性的前体细胞，候选肽能否将它激活。在候选肽体外刺激HLA-A*0201阳性的健康人PBMC后，用ELISPOT和51Cr释放法检测效应细胞分泌的细胞因子和杀伤活性。实验结果表明，S(1174-1182)、S(673-681)和S(958-966)刺激PBMC所产生的T细胞能特异性的杀伤靶细胞(T2细胞包被相应的多肽)，并分泌较高水平的IFN-γ。为了进一步证实该表位能在体内能够被自然地被加工处理并被呈递，与T细胞相互作用，诱发特异性的CTL产生，我们用编码S蛋白的质粒S/pVAX1免疫HLA-A*0201分子转基因鼠，然后取免疫后鼠脾细胞作为效应细胞，用ELISPOT和51Cr释放法检测效应细胞分泌的细胞因子和杀伤活性。结果显示，S(958-966)诱导的效应细胞能特异性的杀伤靶细胞(J(A2/kb)cells包被相应的多肽)，并分泌较高水平的IFN-γ。综上所述，候选肽S(958-966)是SARS-CoVS蛋白的HLA-A*0201限制性的CTL表位。
在本实验中，我们鉴定了两个分别来自SARS冠状病毒N蛋白和S蛋白的HLA-A*0201限制性保守表位，N(223-231)(LLLDRLNQL)和S(958-966)(VLNDILSRL)。这两个表位将可能用于帮助监测SARS病人在发病和治疗的过程中的细胞免疫应答情况，进而了解清除病毒或病毒免疫致病的机制；也可能应用于针对SARS冠状病毒的免疫治疗的研发。