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Kosakonia属是最近从肠杆菌科肠杆菌属划分出来的新属。除了典型种K.cowanii菌株来源于人体,其他种菌株都来源于植物,多数菌株促进植物的生长,而菌株K. radicincitans YD4可能是植物病原菌。目前属内部分成员的分类地位不明。本研究拟用分类基因组学方法理清Kosakonia属成员的分类地位。本研究用PacBio SMRT技术测定了Kosakonia属5个种典型菌株(K. cowanii DSM 18146T、K. oryzae O1a51T、K. arachidis DSM 25165T、E. oryziphilus LMG 26429T和E. oryzendophyticus LMG 26432T)的全基因组序列,拼接组装出完成图。本研究用最新的OrthoANI (Orthologous Average Nucleotide Identity)和MiSI (Microbial Species Identifier)方法计算了11个菌株(K. cowanii DSM 18146T、K. oryzae Ola51T、K. arachidis DSM 25165T、E. oryziphilus LMG 26429T, E. oryzendophyticus LMG 26432T、K. radicincitans DSM 16656T、K. radicincitans UMEnt01/12, K. radicincitans YD4、Kosakonia sacchari SP1T、Kosakonia oryzae KO348 和 Enterobacter sp. R4-368)基因组间的相似度,表明K. oryzae Ola51T该属于K. radicincitans种,菌株KO348不属于K. oryzae种,KO348与菌株R4-368可能代表一个与K. sacchari亲缘关系最近的新种。E. oryziphilus与K. arachidis最亲近。对Kosakonia属与近缘属Enterobacter, Citrobacter和Cronobacter属菌株的16S rRNA基因和核心基因组编码氨基酸序列的系统发育分析显示11个菌株是单系的,可能属于同一个属；11个菌株分成4个系统发育群。受限于典型菌株全基因组序列数量不足,本研究还没能确定Kosakonia近缘属Enterobacter, Citrobacter和Cronobacter属间ANI和POCP (percentage of conserved proteins)的分界值,没能确定目前Kosakonia属中4个系统发育群的归属。K. cowanii在GC组成和基因组相似度上与Kosakonia属的其他成员差异较大。对Kosakonia属11个成员的促植物生长和植物致病相关基因进行分析,发现它们都有促植物生长的潜能或让植物致病的风险,它们的基因型表现出与系统发育关系的相关性。K. cowanii不是固氮菌,在基因型上与Kosakonia属的其他成员有明显差别。本研究为系统研究Kosakonia属细菌的进化和遗传学提供了5个典型菌株完整的基因组序列,理清了Kosakonia属多数成员的分类地位。