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本课题采用ISSR分子标记对江西省蕙兰(Cymbidium faberi Rolfe)的遗传多样性进行了分析,目的在于了解蕙兰居群的遗传多样性水平、遗传结构以及居群间的遗传分化,并提出了相应的保护措施,为合理开发利用和保护蕙兰资源提供了科学的指导和依据。主要研究结果如下：用正交设计法建立了蕙兰ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序。最佳反应体系：25μl PCR反应的体积中,2.5μl10×PCR buffer,2.5mmol/L Mg2+,120ng模板DNA,200μmol/L dNTPs,0.75U Taq DNA聚合酶,0.4μmol/L引物,双蒸水15.35μl；最佳扩增程序为：94℃预变性5min,然后进行40个循环：94℃变性45s,复性(温度根据各引物的Tm值筛选得到)45s,72℃延伸80s,循环结束后72℃延伸7min,4℃保存。筛选出12条引物对255个样品进行扩增,得到142条谱带,其中多样性条带为129条,多态性条带百分率为90.85%。用POPGENE软件分析结果表明,蕙兰物种水平的遗传多样性(PPF=90.85%, Hpop=0.2%92,I=0.4393)和居群水平的遗传多样性(PPF=59.40%, Hpop=0.1886,I=0.2865)都较高。其中,南丰居群(NF)的遗传多样性最高(PPF=73.94%, Hpop=0.2498,I=0.3764);贵溪居群(GX)的遗传多样性最低(PPF=45.77%, Hpop=0.1327,I=0.2053).用POPGENE软件计算Nei’s遗传距离(D)和遗传相似性系数(I)。结果显示17个居群两两之间的遗传距离(D)和遗传相似性系数(I)的变化范围为0.0278～0.2476和0.7807-0.9726。其中贵溪(GX)居群和资溪(ZX)居群之间的遗传距离最小(0.0278)；XS居群和SC居群之间的遗传距离最大(0.2476)。用NTSYS-pc软件对Nei’s遗传距离进行UPGMA聚类,结果显示蕙兰分为两个谱系(Ⅰ和Ⅱ)。谱系Ⅰ又分为两个分支,第一分支是贵溪(GX)和资溪(ZX)居群先聚类,再依次与靖安(JA)、庐山(LS)、玉山(YS)居群聚在一起；第二个分支先分成两个小分支：南丰(NF)和邵武(SW)居群聚类后与石城(SC)居群聚类形成第一小分支；井冈山(JGS)与崇义(CY)居群先聚类,再依次与会昌(HC)、安福(AF)居群聚在一起形成第二小分支。在谱系Ⅱ中修水(XS)和武宁(WN)先聚类,再依次与横丰(HF)、铜鼓(TG)、宜丰(YF)居群聚在一起。用AMOVA软件分析显示,蕙兰居群间遗传分化系数Φst为0.362,表明江西蕙兰居群间的遗传分化小于居群内的遗传分化。各大山脉居群间的遗传分化系数从小到大依次为：罗霄山脉3个居群间Φst=0.189、武夷山脉6个居群间Φst=0.313、幕阜山脉3个居群间Φst=0.386、怀玉山脉2个居群间Φst=0.417、九岭山脉3个居群间Φst=0.423,即各大山脉居群的居群间遗传分化均小于居群内遗传分化。与POPGENE1.31分析结果基本一致。用TFPGA软件对蕙兰17个居群的遗传距离和地理距离进行Mantel统计分析,并做显著性检验。结果显示遗传距离和地理距离的相关值为：r=0.2399,p=0.0140>0.05,表明地理隔离与遗传分化相关性不明显。根据蕙兰遗传多样性水平和遗传结构提出了相应的保护措施,如就地保护,居群间相互移植,加强保护意识等。