小麦条锈菌（Puccinia striiformis f.sp.tritici）可随气流远距离传播,引起条锈病大面积发生与流行,严重威胁我国小麦安全生产。通过研究条锈菌群体遗传多样性可以分析群体间交流关系并推测条锈菌传播路径,对病害监测预警及防控策略的制定等具有十分重要的意义。本研究采用全基因组测序的方法,对中国小麦条锈菌群体遗传多样性、起源及传播路径进行了分析,取得了以下主要结果:1.从全国11个省份41个地级市采集了小麦条锈病标样共计6381份,采样地点覆盖了我国主要的条锈病流行区。通过对标样的单孢分离与扩繁,最终筛选出154份具有代表性的条锈菌样品,进行DNA提取和质量检测后,进行全基因组测序。2.通过对测序原始数据进行质量检测与过滤,最终获得893.54 Gb的高质量测序数据,变异位点检测获得约84万个高质量的SNP位点。每个样品的平均测序深度为55×,平均覆盖度为91.83%。与参考基因组进行比对发现样品的平均比对率为88.95%。3.中国小麦条锈菌群体结构复杂,遗传多样性丰富,不同地区条锈菌交流频繁。通过系统发育分析、主成分分析和群体遗传结构分析进行的群体结构划分研究表明,中国条锈菌群体可划分为Cluster 1和Cluster 2两个部分,其中Cluster 1可进一步划分为分别代表甘肃、西藏与贵州条锈菌群体的Cluster 1.1,Cluster 1.2及Cluster 1.3。条锈菌群体Cluster 2可被划分为4个部分,分别是代表河南、湖北、陕西、宁夏、贵州、四川等地区条锈菌群体的Cluster 2.1;代表四川、云南地区条锈菌群体的Cluster 2.2;以及代表青海、新疆、西藏地区条锈菌群体的Cluster 2.3和Cluster 2.4。遗传多样性多样性指数与群体杂合度表明,Cluster 1中的亚群体的遗传多样性显著高于Cluster 2。综合以上结果可以推断出秦岭西段（Cluster 1.1）、喜马拉雅山脉（Cluster 1.2）与贵州高原（Cluster 1.3）为我国小麦条锈菌的起源中心。通过遗传分化指数、遗传渗透分析与迁移时间估计进行的基因流分析,结果表明三个起源中心的条锈菌均与四川、云南地区的条锈菌群体（Cluster 2.2）间存在频繁的基因交流,同时四川、云南地区与其他地区条锈菌群体（Cluster 2.1）间也存在高频率的基因交流,推测中国小麦条锈菌重要的传播路径之一为起源中心的条锈菌首先汇聚在四川、云南地区,再向中国其他小麦种植区进行传播。