当前,以部门预算、国库集中支付、政府采购为主要内容的国家财政制度改革在农业科研事业单位系统内已全面实施,农业科研事业单位财务工作从单一的核算管理延伸到预算管理、国库集中支付及零余额账户体系管理和政府采购管理；农业科研事业单位创办科技企业已有很大发展,组织形式多种多样,且不适应管理事业的财务管理方法管理它们；财务管理向更深层次的发展,已不是传统简单收支管理所能概括的。所有这些,对农业科研事业单位财务工作和会计人员提出了更高的要求,同时,也对农业科研单位会计队伍建设提出严峻的考验。随着我国改革开放事业的不断深入和市场经济体制的逐步完善及农业科研事业单位体制改革、国家财政体制改革的发展,会计工作在农业科研事业单位工作中,基础性地位和作用越来越重要。如何在农业科技体制改革的新形势下务实创新,研究解决我国农业科研事业单位财务管理中的新问题,推动农业科研事业的发展,更好地为农业科研创新及“三农”服务,是农业科研事业单位会计人员面临的重大课题。本文通过分析A研究院财务管理模式现状存在问题的原因,且与A研究院的管理体制、组织机构有机联系起来,借鉴企业优秀财务管理的经验,提出建立事业部制以解决二级单位各自为政的问题,以研制成本法代替完全成本法,会计工作从核算型向管理型、决策型转变,运用信息技术加强财务控制等完善A研究院财务管理模式的措施。全文采用规范研究和案例分析相结合的研究方法,层层递进,按照提出问题、分析问题和解决问题的思路,为A研究院财务管理模式的改进指明了方向。