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DNA序列的差异可以开发成遗传标记，通常被称为分子标记，并已经成为一种常用工具应用在遗传图谱构建、图位克隆、QTL定位等遗传研究中。内含子是真核生物基因组中重要的组成元件，其功能较小，因此内含子变异程度要高于编码序列。虽然内含子内可能有各种各样的多态性，但内含子长度多态性（Intron Length Polymorphism，ILP）是最容易被鉴别的一种，也可以开发成为分子标记。本论文通过比较水稻两个亚种等位基因间的内含子长度差异，大规模开发了水稻的ILP标记，对ILP的特点进行了深入研究，并将ILP标记应用于水稻遗传图谱构建、单片段替换系群体构建、种质资源遗传多样性研究和亚洲栽培稻进化四个方面的研究。具体结果如下：1、通过日本晴全长cDNA序列分别与籼稻93-11和粳稻日本晴基因组作比较，成功开发了5811个候选ILP标记，并建立了ILP标记的数据库。2、随机挑取215对候选ILP标记引物在93-11、日本晴和F1基因组DNA中进行检测，有173（80.47％）对引物能扩增到清晰稳定的条带，并且表现为共显性。另外，有6对引物只能在日本晴或93-11中扩增到产物，可以作为显性标记使用。3、ILP标记具有共显性、引物通用性、籼粳亚种特异性等优点，并具有进一步开发成物种间通用型分子标记的潜力。4、构建了一张含172个ILP标记和13个SSR标记的水稻连锁图谱，总长度为1905.70cM，标记间的平均距离为10.30 cM。发现有30个标记表现偏分离（P＜0.05），占总标记数的16.22％。在这些偏分离标记中，有28个标记（93.33％）偏向93-11，仅2个标记偏向日本晴。5、初步构建了水稻染色体单片段替换系群体，共筛选到54个不同SSSL，替换片段总长度为2046.5cM，平均长度为37.90cM。这54个单片段剔除重叠区域后，总长度为1173.5cM，覆盖整个水稻基因组的61.58％。6、利用ILP标记对71份水稻材料进行聚类分析，将供试种质资源清晰地分成四个群：籼型群、偏籼群、偏粳群和粳稻群，说明ILP标记能准确地区分籼粳亚种，可以用来研究种质资源遗传多样性。7、利用SSILP标记对亚洲栽培稻和普通野生稻进行聚类分析，籼稻与南亚和东南亚野生稻聚在一个群，而粳稻和中国南部野生稻聚在一个群。表明籼粳亚种在不同地理区域独立起源，籼稻在南亚和东南亚地区驯化，而粳稻在中国南方地区驯化。