近10多年来，全球各类重大突发公共卫生事件屡屡发生，对人类生命安全和社会经济发展构成了极大威胁，突发公共卫生事件成为全世界关注的焦点。在突发公共卫生事件处理中作为医疗救治主体的医疗机构，肩负着履行政府职能的重任，但在实际救治过程中出现了一些管理制度、经济补偿不足的问题，由于现时我国对突发公共卫生事件经济补偿机制尚未完善，以致于医疗机构在事件过后自身也一度陷入财政困境。现时我国医疗机构的补偿渠道主要包括三个方面：财政投入、医疗服务收费和药品加成收入。其中，政府财政投入是医疗机构补偿的一个重要渠道，对医疗机构的生存和发展起到了至关重要的作用。近年来，这一部分投入虽逐年增长，但其增长速度与GDP和财政支出的增长速度相比明显偏低，财政投入远远不能补偿医疗机构因承担基本医疗服务和完成政府交办的其他任务而造成的政策性亏损。本文通过对突发公共卫生事件概念、性质及其对社会的影响等的阐述，分析了政府、医疗机构与突发公共卫生事件三者之间的关系，明确了政府在处置突发公共卫生事件中的职能和责任。本文还对现行医疗机构的补偿机制进行初步剖析，并针对我国突发公共卫生事件中医疗机构经济补偿机制存在的政府财政对公共卫生事业的责任界定不清晰、预算制度中运用到突发性公共事务管理的投入总量不足、对重大突发公共卫生事件的财政补偿无章可循等问题，提出了完善经济补偿机制的政策性建议。　　 本文主要采用规范分析、文献研究、实证分析等方法，以2003年SARS暴发期间医疗机构在对病人实行救治后自身出现的问题为研究对象，对我国现行医疗机构的补偿机制、突发公共卫生事件中医疗机构经济补偿机制存在的问题、行政补偿相关制度、经济补偿机制的完善等方面进行了分析。