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流域作为与人类生存和发展息息相关的环境因子，为人类提供着必须的生存条件和发展空间。然而由于人类活动的影响，流域环境受到了严重的破坏，其反过来又限制着人类的生存和发展。为了解决这一问题，近年来，相关领域的专家根据流域自身的特点提出了许多方案，但是都局限于针对特定流域，缺少对整体流域进行综合管理的体系。本文的目的就在于建立一个全国的综合流域管理系统，即流域水生态健康评价系统。该系统实现了国内主要流域信息的综合管理，并做为流域开发和治理中的一个很重要的决策依据。本文中涉及到的流域为全国八大重点流域，包括：滇池流域、海河流域、巢湖流域、淮河流域、辽河流域、黑河流域、东江流域以及洱海流域。 流域水生态健康评价系统构建了一个集数据处理、数据传输与网络共享、流域水生态系统健康评估为一体，具有通用性和可扩展性的水生态健康评估平台。本文从中国流域的实际现状出发，结合各流域的自身特点，根据有关国家标准和行业规定，结合国内外河湖健康评估的先进方法以及水生态功能分区项目的有关成果实现了流域水生态健康评价系统。 根据系统需求分析和设计，利用Oracle数据库和ArcSDE空间数据引擎管理流域的属性和空间数据，构建了水生生物图谱库和评价指标库，并将流域的健康评价模型以存储过程的方式存到Oracle数据库中，使用时以Service的模式提供。以Visual Studio.NET作为系统开发的平台，C＃作为开发语言，利用ADO.NET等网络开发相关技术，完成流域水生态健康评价系统的开发，实现了从流域信息管理、流域健康评价到流域修复预案为一体的流域综合管理系统。 本文主要完成了如下内容的研究：1）八大流域水生态功能分区结果展示；2）水生生物图谱管理与展示；3）流域健康评价指标管理；4）流域水生态健康评价模型；5）流域水生态健康评价结果展示；6）流域水生态相关信息发布等功能模块。为水专项及各级政府管理部门对水生态系统的健康评价提供先进的技术手段和科学方法。