海洋资源的开发利用与保护目前已是国际社会关注的热点，许多沿海国家已把海洋资源的合理开发与保护上升到了国家的战略方针。而海洋特别保护区正是一种以可持续发展为宗旨，兼顾海洋资源开发利用与海洋环境有序保护的一种海洋开发方式。作为一种基于生态系统的渔业管理，海洋保护区已经得到了国际社会的认可和支持，而海洋特别保护区作为一种允许在保护区内进行捕捞活动的海洋保护区，不仅可以缓解渔业上的压力，而且可以实现海洋资源的可持续利用。在海洋特别保护区内并不与保护进行海洋开发活动的目的冲突，反而还有利于观察研究保护区的运作情况。美国和新西兰是世界上将海洋保护区应用于渔业管理上做的最好的国家，特别是新西兰，已经形成了一套成熟的管理体系和管理措施，其海洋管理模式也是世界上比较成熟的，保护对象从生物资源到非生物的环境，包括海洋鱼类、藻类以及海岸带和历史遗迹。我国从上世纪90年代就开始建设海洋特别保护区，目前已经建成国家级海洋特别保护区达22处之多，仅山东省就有15处。海洋特别保护区目前已是渔业管理的主要方式之一，无论是在国内和国外都在以海洋的保护和开发并重的方式实施着管理。而以非政府组织介入海洋的管理，是海洋管理最可行也是最有效的方法，在非政府组织的海洋管理方面，新西兰等西方国家采用的方法更为成熟，值得我国在海洋管理上的借鉴。本论文以浙江省嵊泗县马鞍列岛海洋特别保护区建设为实证研究对象，在参考大量文献资料的基础上，从地理环境、生物生态环境和渔业资源环境3个方面分析了马鞍列岛建立海洋特别保护区的必要性，再进一步阐述马鞍列岛海洋管理发展的历程和建区后发展规划。然后具体分析了马鞍列岛海洋特别保护区的管理措施及其在管理上存在的问题，管理措施包括：包礁工程、人工鱼礁建设、发展养殖业、增殖放流、捕捞限制和发展旅游业和休闲渔业。其中包礁工程是马鞍列岛海洋特别保区经过多年的探索，发掘出来的一种对保护区内岛礁资源进行管理的公共参与方式。公共参与已广泛应用于海洋特别保护区的管理中，实现公共参与是实现海洋特别保护区的有效管理最佳方式。长期以来，将岛礁资源作为公共财产进行无节制的开发，已使得资源量急速下降，岛礁承包养护将在一定程度上起到恢复资源量的作用。马鞍列岛海洋特别保护区的管理进程不断在加快，与此同时，产生的管理问题也越来越多，使得管理在一定程度上遇到很大的障碍。文章从以下几个方面讨论了管理上存在的问题：(1)渔民方面，主要是以违法捕鱼为主；(2)政府方面，包括宣传、渔民补贴和法律法规建设；(3)公共参与方面，主要是岛礁承包的法律问题和岛礁管理的矛盾冲突问题；(4)旅游业和休闲渔业方面，有环境压力和资源压力两个方面。在海洋特别保护区的发展突飞猛进的同时，我们看到的却只是这些海洋特别保护区的建立，而建立之后的管理工作并未得到很好的落实，海洋特别保护区的重建设轻管理的问题在我国海洋管理上逐渐成为一个大问题。为了落实我国海洋特别保护区的后期管理工作，结合马鞍列岛海洋特别保护区的实证研究，本文就海洋特别保护区中渔业管理的措施提出下列建议：在管理制度上切实保障综合管理和功能区划制度的施行；在管理内容上要坚持资源与环境的开发以“在保护中开发，在开发中保护”为指导方针；在管理方式上需发展多种管理方式并存，特别是要从公共意识、法律条文、管理权利和协调工作方面落实公共参与。本文从海洋特别保护区、渔业管理、公共参与三个角度分析海洋特别保护区在渔业管理上应用。海洋特别保护区作为一种渔业管理的辅助手段，能够缓解渔业面临的巨大压力，从而实现海洋开发利用的可持续发展。