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随着生活水平的提高,人们对优质猪肉的需求也越来越高。为了满足消费者对优质猪肉的需求,越来越多的养猪企业开始致力于优质肉猪新品种的培育。江西山下投资有限公司利用巴克夏与里岔黑猪为祖代,通过杂交育种来培育一个优质肉猪新品种“山下黑猪”。在培育过程中出现的毛色分离问题,特别是巴里2世代,花猪的比例高达25%,这给企业造成了很大的经济损失。优质肉猪培育品种鲁莱黑猪的纯繁群体中也会产生少量的花猪,也存在毛色分离问题。此外,毛色是品种的重要特征之一,其稳定遗传是新品种成功培育的重要条件。因此,解析两个群体毛色分离的遗传机理,并建立相应的检测技术对生产实践具有重要的意义。本研究首先统计各群体中黑毛和花毛的数量,根据巴里2代和鲁莱黑猪黑毛和花毛的比例来推测毛色的遗传模式;然后对毛色性状进行全基因组关联分析,定位巴里群体中控制毛色分离的基因组位点;根据全基因组关联分析结果,通过位置候选基因法搜寻候选基因,并通过Sanger测序法搜寻候选基因的多态性,筛选与毛色分离一致的位点;建立PCR-RFLP检测方法,并对大群检测,验证突变位点与毛色分离之间的关系。毛色表型数据的统计结果显示巴里2代和鲁莱黑猪群体中黑毛与花毛的比例符合孟德尔单基因分离规律3:1的比例,这说明黑毛对花毛为完全显性,且毛色分离是由常染色体单基因引起的。在巴里群体中,通过全基因组关联分析把影响毛色分离的主效基因定位在6号染色体短臂端点。这个区域的MC1R基因是影响猪毛色的主效基因,因此把它当作候选基因。在巴里群体和鲁莱黑猪群体中,分别对127头和48头猪进行Sanger测序,分别搜寻到10和11个多态位点。有10个位点是这2个群体共同所有,其中第67位置2个C碱基的插入导致花毛的产生。该位点不能被限制性内切酶所识别,不能建立PCR-RFLP检测方法。为了便于实验室检测,用能被BspHI限制性内切酶识别的第370位置的G>A位点替代该位点,建立相应的PCR-RFLP检测技术,并对1354头巴里杂交猪和37头鲁莱黑猪检测,不能切开的个体全部为黑毛。造成巴里群体毛色分离的因果基因为MC1R基因,通过PCR-RFLP检测能够实现毛色的选育目标;但鲁莱黑猪群体样本比较小,还需要扩大样本进行验证。