跳频通信技术具有良好的抗干扰和低截获性能，在现代战争中，通信的抗干扰抗截获性能至关重要，因此，跳频通信一直在军事通信中占有重要地位，在现代战争中得到了广泛的应用，另外军事通信的安全性更加重要，所以提高通信的保密性，对现代战争的意义重大。本文研究利用加密算法来提高跳频系统安全性的方法。首先，本文对跳频通信系统的基本概况做了简单的介绍，阐述了系统的基本原理及其关键技术，重点分析了广泛应用于跳频通信系统当中的m序列、M序列、Gold码和RS码等各种伪随机序列，对其性能进行了详细的对比分析，选用性能出众的RS码作为本课题的跳频序列码。同时也对信源调制方式进行了研究和探讨，阐述了FSK、MSK和GMSK三种调制方式的原理，对其性能特点从不同角度进行了分析，比较了不同调制方式的优缺点，根据不同调制方式所具有的特点，研究了在具有不同跳频特征系统的适用性。然后，分析讨论了几种不同的加密算法，以DES、RSA和AES等算法为基础，研究其性质，实现了部分算法的加密与解密，比较其安全性能和加密解密算法的速度。并对其进行适当的改进，在保证保密性能的基础上，提高其实时性，使其更适合应用在通信系统中。为了提高保密性，保证己方正常通信的同时敌方无法获得准确的通信情报，提出了跳频加密通信系统的两种设计方案，一种是信源加密，即在信息调制之前加入加密模块，同时在接收端信息解调模块之后加入解密模块；另一种是跳频序列加密，把跳频序列通过不同加密算法的变换生成新的跳频序列以控制跳频调制和解跳。最后，对DES跳频系统和AES跳频系统分别进行了仿真和结果分析，验证了将加密算法与跳频系统结合能够有效提高系统的安全性能。