基于全转录组测序初探眼睑皮脂腺癌三类RNA差异表达

来源 :河北医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:njcxm
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的:眼睑皮脂腺癌(sebaceous gland carcinoma,SGC)作为眼科一种恶性肿瘤,其发病机制尚未明确,在分子机制方面更是知之甚少,为此基于RNA测序(RNA Sequencing,RNA-seq)技术对眼睑SGC和癌旁正常睑板腺组织进行全转录组测序,同时获得信使RNA(m RNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lnc RNA)和环状RNA(circular RNA,circ RNA)三种类型RNA,从中筛选得到眼睑SGC中差异表达的RNA。方法:收集于河北医科大学第二医院眼科行眼睑肿物切除术后病理结果为眼睑SGC的三例患者临床资料,将术中收集的癌组织与癌旁正常睑板腺组织分别提取总RNA,质检合格后建立c DNA文库进行全转录组高通量测序,将测序得到的原始数据进行质控、过滤后采用edge R软件筛选SGC癌组织和癌旁正常睑板腺组织表达有差异的m RNAs、lnc RNAs及circ RNAs。然后分别挑选差异表达显著的上下调前5个m RNAs和lnc RNAs进行实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,q RT-PCR)验证,运用2-△△Ct法计算差异倍数。结果:1.眼睑SGC组织与癌旁正常睑板腺组织对比,不仅m RNAs、lnc RNAs存在差异表达,circ RNAs也存在异常表达(筛选条件为P<0.05且差异倍数(fold change,FC)>1.5):1)m RNA:共检出13010个m RNAs,眼睑SGC组织与癌旁正常睑板腺组织对比,971个m RNAs差异表达,100个上调,871个下调,差异性表达最显著的10个上调m RNAs分别是EIF3CL、TNFAIP8L2-SCNM1、CTAGE4、JMJD7-PLA2G4B、KIAA0408、POTEI、MMP12、SLC24A2、GRM5和HOXB2,差异性表达最显著的10个下调的m RNAs有SCGB1D1、LACRT、LCN1、SMR3B、SCGB2A1、PROL1、MYH4、KRTAP3-2、PRR4和CST4。2)lnc RNA:共测得8701个lnc RNAs,差异表达的lnc RNAs有920个,包括394个上调,下调表达526个,上调表达前10位的lnc RNAs有lnc-NEMF-1:9、MALAT1:33、MIR205HG:18、EPB41L4A-AS1:11、LINC00938:6、lnc-ZNF708-2:1、XIST:6、lnc-C21orf58-1:5、lnc-POTEG-14:10和XIST:64,下调表达前10名的是lnc-CCNB1IP1-1:5、NEAT1:23、lnc-ZEB2-1:8、lnc-RNASEH1-7:1、lnc-METTL14-3:13、MALAT1:53、EPB41L4A-AS1:4、lnc-PRR4-1:15、XIST:21和MIR205HG:12。3)circ RNA:共测得547个circ RNAs,眼睑SGC组织中共有128个差异表达的circ RNAs,其中58个上调,70个下调。表达上调位于前10名的是hsa_circ_0005332、hsa_circ_0098290、hsa_circ_0011169、环状PHRF1、hsa_circ_0032116、hsa_circ_0108056、hsa_circ_0003823、hsa_circ_0132667、hsa_circ_0137886和hsa_circ_0003234,下调表达前10名的有hsa_circ_0001438、hsa_circ_0120806、hsa_circ_0001921、hsa_circ_0002245、hsa_circ_0129072、环状KIAA1211L、hsa_circ_0003922、hsa_circ_0002882、hsa_circ_0003253和hsa_circ_0005077。2.挑选差异表达显著的上下调前5个m RNA和lnc RNA继续进行q RT-PCR,与测序表达差异一致的结果如下:1)m RNA:EIF3CL在眼睑皮脂腺癌组织中的表达水平显著高于对应的癌旁正常睑板腺组织(t=4.508,P<0.05);SCGB2A1在眼睑皮脂腺癌组织中的表达水平显著低于对应的癌旁正常睑板腺组织(t=-15.530,P<0.01)。2)lnc RNA:lnc RNA NEAT1在眼睑皮脂腺癌组织中的表达水平较癌旁正常睑板腺组织显著低表达(t=-9.478,P<0.05)。结论:通过全转录测序技术初步探究得到了眼睑SGC与对应的癌旁正常睑板腺组织相比,不仅m RNAs、lnc RNAs的表达存在差异,还发现了眼睑SGC中异常表达的circ RNAs。这些差异表达的RNA可能与眼睑SGC肿瘤发生发展相关,但具体功能机制有待扩大样本量进一步深入研究。
其他文献
目的:先天性上睑下垂是由于提上睑肌和Müller肌功能不全或者完全丧失,上睑上抬困难或不能上抬,使一侧或双侧眼睑低于正常位置。上睑下垂对患者的外观造成很大影响,严重时导致视力下降,甚至影响患者的生活质量和心理健康。因此及时有效地治疗上睑下垂十分重要。手术治疗先天性上睑下垂的方法主要有两大类,一种是利用提上睑肌的手术,一种是利用额肌的手术。当提上睑肌肌力在大于等于4mm时,选择提上睑肌缩短术;当提上
目的:观察高糖环境下IL-10与机械刺激对人牙周膜细胞(HPDLCs)OPG、RANKL表达的影响,探究IL-10对糖尿病患者牙槽骨在正畸力作用下骨改建的影响。方法:1.采用组织块法培养HPDLCs并进行传代,用免疫组化的方法对所培养细胞进行鉴定。2.用ELISA法检测各组细胞培养上清液中OPG、RANKL的表达。根据机械刺激方式不同分为压力组和张力组。压力组分出4小组:A组:HPDLCs+低糖型
目的:探讨尼妥珠单抗联合白蛋白结合型紫杉醇-顺铂-替吉奥术前诱导方案对于晚期口腔鳞癌(Oral squamous cell carcinoma,OSCC)局部控制率、远处转移率及生存率的影响,为晚期口腔癌的治疗提供依据。方法:选取2018年3月至2019年12月在河北医科大学第四医院住院,并经病理诊断确诊为口腔鳞癌的90例Ⅲ-Ⅳ期患者的病例资料,进行分析,按照术前治疗方式不同分为两组。其中30例术
目的:探讨角膜病损切除加碘酊烧灼联合抗真菌药物治疗真菌性角膜炎的疗效。方法:对经实验室检查确诊的71例(71眼)轻中度真菌性角膜炎患者进行角膜病损切除加碘酊烧灼联合抗真菌药物治疗,观察其疗效。将71例(71眼)患者按照病情程度分为轻、中度两组,轻度46例(46眼),中度25例(25眼),比较两组患者的治疗效果。结果:1.71例患者中痊愈59例(83.1%),显效7例(9.9%),无效5例(7%)。
目的:通过建立大鼠慢性睡眠剥夺模型,研究大鼠行为学改变、颞下颌关节髁突软骨组织形态变化和颞下颌关节髁突软骨中IL-1β、TNF-α、MMP-2、MMP-9、IGF-I和VEGF的表达变化。方法:将60只8周龄雄性Wistar大鼠随机分为3组,分别为实验组,对照组和恢复组。利用改良多平台法(MMPM)对实验组和恢复组大鼠进行慢性睡眠剥夺。通过旷场实验评估大鼠睡眠剥夺模型建立效果。在睡眠剥夺的第1、第
目的:通过三维有限元法分析不同修复方式对根管治疗后的牙体缺损的影响。创建仅(牙合)面缺损,四壁完整的有限元模型,设置垂直及斜向两种加载方向,探讨剩余牙体组织及修复体的应力大小及分布规律,为临床中牙体缺损的修复提供力学依据,以期为临床选择一种最佳的修复方式。方法:1.建立正常下颌磨牙模型选择1颗形态完整,无龋坏磨损的完整离体左下第三磨牙作为研究对象,运用CBCT扫描及Mimics,Geomagic,
目的:探讨白三烯受体拮抗药孟鲁司特钠联合糠酸莫米松鼻喷雾剂方案治疗不同病情程度儿童腺样体肥大的疗效,分析该治疗方案对不同合并症患儿的临床差异。方法:选取腺样体肥大患儿120例,按照患儿经纤维鼻咽喉镜下腺样体阻塞后鼻孔的程度分为实验组1和实验组2,其中III度肥大为实验组1,IV度肥大为实验组2,按患儿的合并症情况分为单纯腺样体肥大组、合并分泌性中耳炎组、合并过敏性鼻炎组,患儿均采用糠酸莫米松鼻喷雾
老年性黄斑变性(AMD)是一种视网膜老化的退行性疾病,是老龄人群视力缺失的主要原因之一,主要表现为视网膜色素上皮细胞(The retinal pigment epithelium cells)对视细胞外节盘膜吞噬消化能力下降,形成玻璃膜疣,进而引发一系列的继发性病理改变。环状RNA是一种特殊的非编码RNA分子,它通过反向剪接呈封闭环状,与线性RNA相比更加不易被RNA外切酶影响,更加稳定。目前,环
目的:研究下颌前移矫治器治疗OSA前后颏舌肌收缩功能的改善及PINK1(PTEN-induced putative kinase 1)/Parkin(E3 ubinquitin ligase s)信号通路介导的线粒体自噬在OSA兔颏舌肌损伤中的作用。探讨下颌前移矫治器(Mandibular Advancement Device,MAD)治疗OSA兔前后颏舌肌功能的变化及线粒体自噬在其中的作用机制。
目的:通过对突发性聋(sudden hearing loss,SHL)患者血脂及凝血指标的回顾性分析,探讨血脂水平及凝血功能与SHL患者的发病、进展及转归的关系。方法:选取2017年1月至2020年12月于河北省人民医院耳鼻咽喉科诊断为SHL的480例患者为突聋组;同期无内耳及中耳疾病史的耳鼻咽喉科住院患者100例为对照组。通过电子病历系统收集所有患者的一般资料、相关检查结果,对所得数据进行统计学