提取糯谷猪线粒体总DNA，参照国外已有报道的猪种线粒体全基因组序列设计引物，PCR扩增、克隆、测序、拼接，获得糯谷猪的线粒体全基因组序列进行生物信息学分析(GenBank登录号为DQ466081)。糯谷猪的线粒体基因组序列全长16673 bp，并将其22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白编码基因和1个复制和转录的起始控制区(又名D-loop区)在基因组上进行了基因定位。研究结果表明糯谷猪与其它哺乳动物线粒体的基因组结构和碱基组成上相似，其序列同源性都较高。为了进行准确的系统发育分析又克隆了16头糯谷猪的D-loop区，发现存在个体长度异质性，初步探讨了串联重复序列的数目变异导致D-loop区长度异质性，产生这种数目变异的原因可能是不对称复制过程中的滑动错配造成的影响。利用GenBank检索得到的线粒体序列，我们讨论了糯谷猪和已知线粒体全基因组的两头国外猪种(Landrace pig和Sweden pig)之间的进化关系，并以糯谷猪为代表讨论了猪在真哺乳亚纲中进化地位以及其他相关物种的进化关系。基于两两比较的13个蛋白编码基因的氨基酸序列，以及12S rRNA和16S rRNA的遗传距离的计算我们的结论是：糯谷猪与国外的两头猪种在编码蛋白质的核苷酸上差异很小，它们分化时间大约807000年前。糯谷猪与奶牛的亲缘关系比糯谷猪与长须鲸的亲缘关系更近；我们更支持猪不应属于牛/鲸分支的姐妹群，而是与牛有更近的亲缘关系这一观点，猪与牛分歧时间约在5千3百万年前左右，但不会超过6千万年前。基于对17头糯谷猪线粒体控制区遗传距离计算以及我们得到的6个单倍型分析我们认为：虽然目前糯谷猪从单倍型数目上看种内遗传多样性不贫乏，但是来自同一地方的猪群具有同一的单倍型，不同地区之间的单倍型互享很少，其种群内具有明显的地理分化，估计在历史上曾经经历过一定的瓶颈效应或建群者效应。这种趋势会影响群体遗传多样性，应大力加强于糯谷猪种内基因交流。在国内外已知过的21种猪种中，以线粒体控制区构建进化树我们得到的结论是：①国内猪种和国外猪种呈现出明显的两个大类群，糯谷猪毫无争议的归类于国内类群；②在种间糯谷猪存在较丰富的母系遗传背景，6种单倍型糯谷猪分别与柯乐猪、香猪、荣昌猪、梅山猪、五指山猪有较近的亲缘关系。这与我国传统猪种遗传资源划分不一致，与流行的糯谷猪仅与柯乐猪有较近亲缘关系论断不一致。本文还以糯谷猪为猪科代表初步探讨了其SRY基因的遗传进化关系，得出目前公认猪科和牛科具有较近的进化关系的一致结论。