猪PGM1和猪UGP2基因的克隆、表达分析及核心启动子区域研究

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本研究所选定的两个候选基因猪磷酸葡萄糖变位酶1(Phosphoglucomutase 1, PGM1)和猪尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶2(UDP-glucose pyrophosphorylase 2, UGP2)基因的功能是第一次在猪上进行鉴定和检验。猪PGM1基因和猪UGP2基因的具体功能和表达分布在猪上都还没有相关的研究报道。通过不同发育时期猪骨骼肌芯片的聚类分析,筛选获得大量影响胴体和肉质性状的基因,其中包括猪PGM1基因和猪UGP2基因等。同时,猪PGM1基因在蛋白表达筛选中具有表现出显著差异,并且猪UGP2基因所编码蛋白是参与糖代谢的一个的酶,猪PGMl基因和猪UGP2基因的功能研究,到目前为止还没有详细的报道。本文从发掘新的候选基因出发,以期寻找到影响肉质品质的关键基因,改善肉质品质。本研究从大白猪和梅山猪中提取的核酸样品,利用实时定量RT-PCR技术分析了猪PGMl基因和猪UGP2基因在猪肌肉组织中的表达分布,以及骨骼肌不同发育阶段的分布规律,分离鉴定了两个基因启动子核心区域,初步掌握了其与肌肉形成发育之问的关系,其结果如下:1.利用生物信息学方法,获得猪PGM1基因mRNA序列2481 bp,预测其ORF长度为1689 bp,猪PGMl基因有外显子11个,内含子10个,内含子剪切方式符合“GT-AG"法则。该基因编码562个氨基酸,蛋白质分子量约为62 KDa,等电点pI为6.07。该蛋白为典型的稳定性蛋白,定位在胞质膜上,为亲水性蛋白。获得猪UGP2基因mRN A序列2056 bp,预测其ORF长度为1527 bp,猪UGP2基因有外显子10个,内含子9个,内含子剪切方式符合“GT-AG"法则。该基因编码508个氨基酸,蛋白质分子量约为57 KDa,等电点pI为7.69。该蛋白为典型的稳定性蛋白,定位在细胞外,为亲水性蛋白。2.通过进化树分析,猪PGM1基因与猪UGP2基因与牛的亲缘关系最近,其次是猩猩、人、恒河猴、穴兔等哺乳动物。两个基因在进化上有高度的保守性。3.克隆获得猪PGMl基因和猪UGP2基因的基因组序列和其在5’端的启动子序列,其中扩增得到猪PGM1基因2311 bp的启动子序列和猪UGP2基因2077 bp的启动子序列。分别以该基因转录起始位点(ATG)开始,利用5’端删除启动子序列的方法,将所扩增得到启动子序列分割为不同长度的缺失片段。猪PGM1基因的启动子片段分割为6个缺失片段,其中在转录起始位点(ATG)上游1343 bp为活性最长片段;猪UGP2基因的启动子片段分割为7个缺失片度,其中在在转录起始位点(ATG)上游588 bp为活性最高片段。4.通过定量RT-PCR发现,猪PGM1基因和猪UGP2基因在骨骼肌中均具有较高表达。同时两个基因在肝脏中也具有较高的表达,说明两个基因与糖类合成代谢有着密切关系。5.利用定量RT-PCR方法,在不同肌纤维类型的骨骼肌中,猪PGM1基因在背最长肌和股二头肌中表达量最高,而在咬肌、比目鱼肌、腓最长肌、趾肌、半腱肌中表达较低,但相互之间无显著性差异。猪UGP2基因在比目鱼肌表达量最高,但与股二头肌、咬肌、腓最长肌、趾肌、半腱肌、背最长肌中表达量不相上下,呈现出广泛的表达。经t检验,各个组织间无显著性差异。6.在大白猪和梅山猪不同发育阶段骨骼肌中,猪PGM1基因的表达趋势相近,在猪出生后早期该基因具有较高的表达量,而随着生长表现出下降的趋势。猪UGP2基因在不同发育阶段的骨骼肌中表达趋势不一致。在大白猪中,猪UGP2基因在发育早期高表达,而在梅山猪中则相反,胚胎期和发育早期该基因表达量较低,随着生长而表达趋势逐渐升高。
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