随着经济全球化和区域经济一体化步伐的不断加快，产品和生产要素刚有必要在区域间自由流动和有效配置，农业国际化开始成为各个国家和地区农业发展所面临的必然选择。农业经济合作是上海合作组织中区域经济合作项目的重点领域，随着《上海合作组织成员国政府间农业合作协定》的签署，新疆与中亚五国农业区域合作更加深入的开展。新疆与五国，如哈萨克斯坦,吉尔吉斯斯坦,塔吉克斯坦接壤，与乌兹别克斯坦，土库曼斯坦遥遥相望。目前，中国已在新疆与中亚五国开通了2个航空口岸和10个陆路边境口岸，其中与哈萨克斯坦的陆路边境口岸有的有7个，与吉尔吉斯斯坦的有3个，与塔吉克斯坦的有1个。新疆是中国与中亚五国农业区域经济合作的重要桥梁和纽带，双方在农产品贸易，农业科技，农业投资等领域具有比较强的互补性，合作前景十分广阔。然而，由于农业领域的经济合作起步较晚，缺乏整体的战略研究和统一规划，尚未建立起具有实效性的合作机制，合作的互补性还没有充分转化为现实的互利互用性，农业经济合作程度还没有达到期望的程度。因此，在现阶段，如何通过上海合作组织成员国农业区域合作的有利时机，建立并完善新疆与中亚五国长效，持续的农业区域合作机制，是新疆与中亚五国农业经济合作要解决的重大问题。最后在理论方面，本研究梳理了区域经济及国际经济合作的相关理论，从实际应用上充实了区域经济及国际贸易经济理论的内涵，通过对新疆与中亚五国开展农业经济合作的影响因素的分析，政府应该为我国“走出去”战略和新疆与中亚五国开展农业经济合作问题的具体操作上提供有利的条件和现实的指导建议。