【摘 要】
:
生物体内遗传信息的传递遵循中心法则,由DNA转录为RNA最终翻译为蛋白质,从而支撑生物体的整个生命活动,同时,遗传信息的异常传递也会造成多种疾病。生物体内遗传信息的传递由多种生物分子的相互作用调控,例如,负载遗传信息的基因组核酸序列可经由蛋白质凝缩为染色质,而染色质在相关蛋白的调控下产生拓扑重构,从而调控对应基因的转录活性;一些非编码RNA,如miRNA,可以以RNA诱导沉默复合体(RISC)的形
【机 构】
:
中国科学院大学(中国科学院上海应用物理研究所)
【出 处】
:
中国科学院大学(中国科学院上海应用物理研究所)
论文部分内容阅读
生物体内遗传信息的传递遵循中心法则,由DNA转录为RNA最终翻译为蛋白质,从而支撑生物体的整个生命活动,同时,遗传信息的异常传递也会造成多种疾病。生物体内遗传信息的传递由多种生物分子的相互作用调控,例如,负载遗传信息的基因组核酸序列可经由蛋白质凝缩为染色质,而染色质在相关蛋白的调控下产生拓扑重构,从而调控对应基因的转录活性;一些非编码RNA,如miRNA,可以以RNA诱导沉默复合体(RISC)的形式在转录后水平上抑制mRNA的翻译活性。基于对天然遗传信息调控机制的理解,工程化组装生物分子构建的人工生物电路近年来发展的如火如荼,其在生物制造、计算及治疗中有广泛应用。然而,现有的人工生物电路体系中缺少功能精确可控的通用模块。DNA作为遗传信息的载体同时也是DNA纳米结构的构成基础。严格的碱基互补配对原则使得DNA纳米结构具有精确的可编程能力和响应性的构象转换能力。因此,可将DNA的功能性和结构性结合在一起,利用可精确调控构象的核酸自组装结构开发通用模块,实现对人工生物电路的精确调控。本文将主要介绍两种利用DNA纳米结构构建的通用模块:基于DNA构象调控的基因转录开关;及基于DNA构象调控的微小RNA捕获与肿瘤抑制。具体内容如下:(1)将包含T7启动子序列和Spinach编码序列的线性DNA与其他抑制链自组装为TO-DNA,并通过输入链序列特异性的调控其转录活性。TO-DNA的转录活性高度依赖于T7启动子的拓扑结构(完整平直的双链结构),因此,通过输入钥匙链调整TO-DNA上T7启动子的拓扑结构,进而实现对其转录活性的序列特异性调控。同时,基于该转录开关我们实现了布尔逻辑门运算、多个TO-DNA间的次序性级联调控及基于同一TO-DNA同一种启动子的多基因正交性调控。最后,我们利用TO-DNA实现了活细菌中的生物计算。总之,TO-DNA的成功构建为形状特异性基因载体的开发提供了一种可能,同时也丰富了合成生物学的工作元件,有望在生物制造、智能诊疗中有更广泛的应用。(2)利用含polyA序列和anti-miRNA序列的二嵌段DNA与纳米金球自组装构建了具有polyA长度编程的侧向间隔的球型核酸(polyA-SNA)。我们发现polyA的长度可以程序性调控polyA-SNAs表面anti-miRNA链间的侧向间隔。侧向间隔的大小会影响polyA-SNA与靶标结合时的位阻,进而影响其捕获效率。PolyA-SNA侧向间隔的可调性可支持其优化出相较于传统密修饰SNA更有利于靶标捕获的构象,同时又保证拥有与传统SNA相当的高效细胞摄取。随后我们验证了polyA-SNAs在细胞内对原癌miRNA的捕获及抗癌基因表达的拯救,基于此我们实现了对小鼠皮下瘤的生长抑制。综上所述,我们利用DNA纳米结构的构象可编程性及其信息负载能力,构建了基于核酸纳米结构构象调控的精确人工生物电路元件。提出了外源功能性核酸构象设计的新方法,同时也为合成生物学提供新的工作元件。
其他文献
物理是一门研究物质性质的科学,其中高能原子核物理是研究尺度大约在1fm左右的科学。两个原子核经过极端高能量的加速进行碰撞,让核物质可以达到极端高温、高密等极端的状态,理论物理学家预言在此状态会存在一种新的称之为夸克胶子等离子体(Quark Gluon Plasma,QGP)的物质状态。在2000年前后,美国纽约布鲁克海文实验室下属的相对论重离子对撞机(Relativistic Heavy Ion
金属与熔盐的相互作用普遍存在于熔盐的应用过程中,并给熔盐的应用带来许多负面影响:在熔盐堆和光热电站中,熔盐对金属的腐蚀严重影响了其安全稳定运行;在熔盐电解冶金中,金属在熔盐中的溶解是引起电流效率下降的重要因素。受限于高温熔盐原位表征手段匮乏和复杂熔盐体系理论模拟的困难,金属与熔盐相互作用机理研究并不全面和深入。因此本文发展和利用多种高温熔盐原位表征技术,包括自主研制的高温熔盐紫外可见吸收光谱仪,定
为了开展更前沿的实验方法应用,国际上开展了新一轮的自由电子激光和衍射极限环光源的建设和升级,二十多台具有高相干性的新光源正在建设或规划中。高相干性是自由电子激光和衍射极限环的一个重要特点,利用X光的高相干性,许多实验方法的性能得到了大幅度改进,提升了人们探索微观世界的能力。相干X光的广泛应用促进了高相干性光束线站的建设,也对束线设计提出了更高的要求,定量研究X光传播中相干性能的变化规律,并据此优化
水泥中的水溶性六价铬具有强毒性,水泥企业在水泥生产过程中采用还原剂将水溶性铬(Ⅵ)转化为低毒性的铬(Ⅲ),硫酸亚铁和硫酸亚铁铵也是常用的六价铬还原剂,但其加入量会影响水泥的耐久性,造成安全隐患,因此测定硫酸亚铁和硫酸亚铁铵试剂纯度尤为重要,本文对硫酸亚铁和硫酸亚铁铵含量的测定方法进行探究,分别采用高锰酸钾滴定法和重铬酸钾滴定法两种方法进行测定。
随着DNA纳米技术的飞速发展,核酸作为基础材料广泛用于构建复杂多样的纳米结构。所构建的DNA纳米结构除继承核酸本身的特性外,还具备高生物相容性、易于多功能化修饰及纳米级寻址能力等突出优点。以此为基础,DNA纳米结构广泛应用于分析化学,化学生物学,分子医学以及材料科学等领域。框架核酸作为一类典型的DNA纳米结构在不同的领域展现出巨大的应用潜力。除了对纳米结构的精准设计与合成外,框架核酸可以通过定价与
质子治疗及其装置是当前医学物理界中一大热点,由于其对正常组织极好的保护性及其在布拉格峰附近的生物效应,质子治疗获得了越来越多医生的认可和患者的青睐,是目前世界上最前沿的放射治疗方式之一。然而,先进的质子治疗设备巨大且昂贵。要解决这个问题,必须实现质子治疗设备的小型化。自此紧凑型质子治疗设备应运而生,高梯度射频技术的发展有助于实现更紧凑、更高效的质子治疗装置。根据当前提出的单室治疗、质子CT和FLA
团簇核的研究一直是核物理领域一个十分重要的课题,但在重离子核反应中,强子会受周边核物质的剧烈影响从而导致原有的结构信息丢失。相比于传统强子观测量,光子有不参与强相互作用的优点,所以能够更有效地携带核反应的真实信息。本文旨在利用光子的这一性质,以其为探针开展了对原子核的α结团现象的研究。扩展的量子分子动力学模型(EQMD)是现今研究α-团簇核核反应的主要微观输运模型之一。本论文的第一个工作即是将韧致
同步辐射光源(synchrotron radiation light source)和自由电子激光(free-electron laser,FEL)的出现,为物理、化学、生命科学、材料科学和能源科学等学科领域带来了前所未有的革命性研究工具,极大地促进了相关科学的发展,40余项诺贝尔奖都与光源技术和应用直接相关。基于电子储存环的同步辐射光源现今已经成为支撑多学科开展基础和应用研究的一种最主要的大科学
衍射极限环是未来光源发展方向,它与第三代光源最主要的不同在于发射度更低,接近光子的衍射极限。发射度越低光的亮度越高,降低发射度有多种方法,其中使用multi-bend achromat(MBA)方法,提高单个单元中二极铁数量,能非常有效地降低发射度,使用7BA磁聚焦结构也成为了较多新光源与光源改造的选择。除此之外,使用antibend、纵向变梯度二极铁方法以及Robinson wiggler、横向
同步辐射光束线已经从高能量分辨发展到超高能量分辨,从微米聚焦到纳米聚焦,光束线的稳定性成为先进性能光束线的关键需求。对于硬X射线光束线,双晶单色器是核心设备,分光晶体的角度稳定性直接影响了聚焦光斑的位置稳定性以及出射光的能量及通量稳定性。本文结合上海光源工程实际,以液氮冷却双晶单色器为主要研究对象,发展了单色器运动参量及稳定性测试方法,研究了单色器工作波长在线检测技术,主要工作内容包括:研究了双晶