G-四链体的稳定性、构型竞争及在端粒酶活性检测中的研究

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G-四链体是由富含鸟嘌呤碱基G的DNA或RNA序列形成的一种特殊的核酸二级结构,有望形成G-四链体的基因序列广泛存在于人类基因组的许多重要区域。近年来,围绕G-四链体,人们开展了大量的研究工作,包括 G-四链体DNA酶的研究、G-四链体的构型研究及G-四链体特异性配体的研究等。围绕G-四链体,本文开展了如下三方面的工作:基于G-四链体-hemin DNA酶的端粒酶活性检测;分子拥挤条件下pH对单个DNA链中G-四链体与二倍体结构竞争的影响研究;用于G-四链体熔点检测的染料筛选实验。  本研究主要内容包括:⑴端粒酶是一种核糖核蛋白酶,能延伸人类染色体端粒重复序列(5′-GGGTTA-3′)。由于其与癌细胞的无限增殖密切相关,所以成为抗癌药物设计的新靶点。直到目前端粒酶活性检测方法的研究仍然是一个热点。设计了一种简单高效、不需要聚合酶链式反应(PCR-free)的端粒酶活性检测方法。这种方法基于端粒酶诱导G-四链体-氯化血红素(hemin)DNA酶的形成。实验中使用了一种短的、无标记的端粒酶引物。由于这个引物只包含3个连续GGG重复序列,所以不能形成稳定的G-四链体。在活性端粒酶和G碱基(dGTP)的存在下,一个连续GGG重复序列可以被加到引物链的3′-端。被延伸的引物可以折叠成G-四链体,G-四链体可以与hemin结合成具有高效催化活性的G-四链体-hemin DNA酶,这种酶可以催化过氧化氢(H2O2)氧化2,2-联氮-二(3-乙基-苯并噻唑-6-磺酸)二铵盐(ABTS)生成绿色的 ABTS·+。由于引物延伸反应生成的产物很短,端粒酶表现出高的周转率,因此提高了方法的灵敏度。用这种方法能够检测到来自200个HeLa细胞的端粒酶活性。⑵人类基因组中存在着大量有望形成G-四链体的富G基因序列。但除染色体末端的单链端粒区域外,绝大多数富 G序列都是与其互补序列共同存在的。这就意味着这些区域内可能存在有 G-四链体与二倍体结构的竞争作用。考虑到基因组中二倍体结构的形成过程更接近于一个分子内的过程,且细胞内处于一个非常拥挤的环境,我们将富G序列及与其互补的富C序列连接成一条DNA链,以40%(v/v)的聚乙二醇200(PEG200)来模拟细胞内的拥挤环境,用荧光光谱、圆二色(CD)光谱及聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)的方法,对稀释和分子拥挤条件下,pH值对G-四链体与二倍体的竞争作用进行了比较研究。研究结果表明,在稀释条件下,富G序列主要被包埋在二倍体结构当中,且pH值的变化(5.8~8.0)不会对DNA的结构造成影响。而在分子拥挤条件下,酸性环境有利于二倍体结构的形成;pH值的增大促使二倍体结构向G-四链体结构转化,转化过程主要发生在pH值6.7~7.4之间。这一研究结果可以为探讨某些基因序列的生理功能、阐明一些疾病的发病机理及以这些富G序列为靶进行相关药物的研制提供必要的信息。⑶G-四链体的熔点(Tm)可以用来衡量G-四链体的热稳定性。很多关于G-四链体的研究中都会涉及到G-四链体熔点的测定。发展一种适合高通量测定的、免标记的G-四链体熔点测定方法对于大批量研究G-四链体具有重要的意义。某些染料的荧光对G-四链体结构有高度的依赖性。它们自身没有荧光或者荧光很弱,但是与G-四链体结合后荧光会增强。因此,我们希望找到可以用于检测G-四链体熔点的荧光染料。实验通过对荧光染料进行筛选,筛选出了SYBR Green I这种荧光染料。并将其应用于G-四链体的熔点测定。通过将测定结果与紫外光谱、CD光谱、分子信标荧光探针测得的结果进行比较,发现在高浓度钾离子中能得到满意的结果;在各个浓度的钠离子中,测得的结果与紫外和CD的结果相差一个定值,通过校准也可以得到满意的结果。但是还需要将SYBR Green I应用于更多的DNA以检验其准确性。而且在钠离子和低浓度的钾离中,SYBR Green I测得的结果偏高,所以还需要进一步对染料进行筛选,选出更满意的荧光染料。
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