六种白蚁线粒体全基因组测定与分析

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白蚁(Termites)是等翅目(Isoptera)昆虫的通称,隶属于节肢动物门、昆虫纲、有翅亚纲,是较低级的半变态类昆虫,全世界白蚁现存属约280,现存种已知2900多种。传统分类分为7科14亚科,其中白蚁科(Termitidae)的白蚁量占据了整个等翅目白蚁总数的70%以上。据《中国动物志》记录,我国除澳白蚁科、齿白蚁科尚未发现外,其余5科均有,并已记录4科44属476种。等翅目作为除膜翅目昆虫之外的唯一具有完全社会性的昆虫,在昆虫分类系统中处于较原始和古老的地位,其中多数种类的白蚁是危害房屋、堤坝、仓库、桥梁和园林植物的重要害虫,更重要的是它能够在异地快速建群、繁衍与扩散,给新的领域造成严重的经济损失和危害。本研究测定了阿曼乳白蚁(Coptotermes amanii)、模斯乳白蚁(Coptotermes sjostedti)、中间乳白蚁(Coptotermes intermedius)、南美乳白蚁(Coptotermes testaceus)、钩白蚁(Ancistrotermes sp.)和楹白蚁(Incisitermes sp.)等 6 种白蚁的线粒体全基因组,并对每种白蚁序列进行了详细的注释与分析,同时,联合NCBI中已发表的其它等翅目白蚁的线粒体全基因组,对其碱基组成、氨基酸组成、密码子使用等方面进行了系统地分析,并总结了等翅目昆虫线粒体中蛋白编码基因的一些基本特征,最后采用常用的构建系统发育树的方法对60种等翅目白蚁进行了系统发育树的构建与简单的进化关系分析。研究的主要结果如下:1.已测得的上述6种白蚁的线粒体全基因组长度依次为:15754 bp、15765 bp、15766 bp、15752 bp、16595 bp和16126 bp,并且均包含37个基因和1个非编码区。所测物种基因组的排列顺序均与已发表的白蚁序列一致。2.在6种所测得白蚁线粒体基因组各组分的碱基组成中,除PCG-N及PCGs表现为T偏斜外,其余组分均表现为明显的A偏斜,且楹白蚁物种含有最高的A+T量达74%。另外,所测物种基因组中均存在16~20处长度不等的基因间隔区(最长的间隔区位于tRNAIle与tRNAGln间、tRNASer(UCN)与ND1间或tRNAGln与tRNAMet间)和10~15处长度不均的基因重叠区(最大的重叠区在tRNATrp与tRNACys间、ND1 与 tRNALeu(CUN)间或 tRNAPhe 与 ND5 间)。3.在所测6种白蚁的22种tRNA二级结构中,除了 tRNASer(AGN)缺失DHU臂以简单的环状结构代替外,其他的21种tRNA均形成了典型的三叶草结构,并同时存在一定的碱基错配,均以G-U配对居多。另外,这6种白蚁的所有tRNA基因其反密码子均与其他已发表的等翅目白蚁一致。4.在本研究的36种白蚁线粒体全基因组中,就整体而言,每个组分的A+T量都高于60%,具有明显的AT偏斜性。另外,PCG-J的A+T量普遍低于PCG-N且D-loop区的A+T量最高。在各种氨基酸的使用中,Ser和Leu的使用次数较高。在编码相同氨基酸的各种密码子中,以碱基U结尾的密码子的平均使用次数往往高于其他密码子的平均使用次数,且UUU(F)的平均使用次数最多,达179.1次。5.利用60种等翅目白蚁的PCGs数据集构建了系统发育树。从结果可以看出,在科级水平上的分类与传统分类完全一致,并且两种建树方法(ML和BI)所得的结果也基本一致,但在乳白蚁属内各物种间的进化位置上存在一定的差异。因此通过扩大数据量联合rRNAs以及tRNAs重新构建了乳白蚁属各物种间的系统发育树,进而基本确定了本研究所测得的4种乳白蚁在其属内部的进化位置。
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