当前，人类活动正以前所未有的速度改变着人和其它生物赖以生存的生态系统，其对生态系统的影响日趋加剧。由于人类在大力发展经济的同时，忽略了近岸海域环境对各种人类活动的承载能力，致使近岸海域生态环境恶化和生境损害。生态环境的改变必将引发生态系统结构和功能的变化。因此，研究人类活动对渔业生态系统的影响，对因人类经济活动而受损生态系统的恢复和重建具有重要的指导意义。本研究选取受人类活动影响而导致生态系统快速退化的典型海湾-大亚湾为例，通过对浮游植物、浮游动物、底栖生物和游泳生物4个主要生物类群在人类活动影响下的群落演替情况进行系统研究，总结其演替规律，并探讨其对环境长期变化的响应。并以此为基础建立海湾生态系统健康评价模型和能量流动模型，对大亚湾渔业生态系统的特征和健康状况进行评价，并对系统的发展趋势进行预测。针对大亚湾不同区域的发展方向，结合各区域生态环境的实际状况和承载力，对大亚湾进行生态功能区的划分;并提出了各功能区的主要环境压力和管理目标，提出切实可行的管理对策。达到通过科学的管理，实现大亚湾生态系统的健康、持续发展的目标。通过本研究将为维系生态系统的可持续发展提供决策依据、为受损生态系统的恢复、重建和科学管理提供科学依据。