经过30多年的改革开放,重庆市各区县之间经济发展水平和工业化水平差距逐步扩大,导致各地主要污染物总量指标分配极不均衡。按照国家对重庆发展的总体要求和统筹城乡发展、主体功能区划调整的战略部署,远郊区县加快发展、产业链由主城区向远郊区县转移势在必行。为满足工业发展水平较低、起步较晚的区县工业经济快速发展对总量指标的刚性需求,以确保产业链转移和主体功能区调整的成功实施,重庆市市政府决定自2012年开始在主城区开展二氧化硫排污权交易工作,要开展二氧化硫排污权交易工作,就不可避免地要涉及到二氧化硫排污权的定价问题,它是有效开展排污权交易的基础性条件之一。对重庆市主城区二氧化硫排污权交易的定价问题进行研究,是有效开展主城区二氧化硫排污权交易工作的保证。文章在上述背景和基础下,对重庆市主城区的二氧化硫排污权初始分配方式和价格进行了研究。本文通过学习借鉴国内外有关排污权初始分配方式及定价方法的理论成果和实践经验,基于排污权初始分配理论和自然资源定价方法,着眼于对排污权的初始分配方式和排污权的定价方法进行系统分析,并结合国内外有关排污权初始分配工作的实践和重庆市主城区二氧化硫排放的实际情况,试图建立重庆市主城区二氧化硫排污权交易定价模型,确定主城区二氧化硫排污权初始分配方式和分配价格,为重庆市主城区二氧化硫排污权交易工作顺利推进提供政策依据和技术支撑。论文的主要研究内容包括两个方面,一是主城区二氧化硫排污权的初始分配该选择哪一种分配方式,二是确定了分配方式以后又该如何确定初始分配价格。文章通过比较分析发现,初始分配方式有偿分配比免费分配更优,重庆市主城区选择以政府定价出售的方式分配二氧化硫初始排污权更适合重庆市的实际情况；在定价方法上,选用重置成本法来计算初始分配价格比较合理,可操作操作性较好。