牡丹、芍药为中国的传统名花，在中国园林和花文化中有着重要的地位和影响。为了有效的鉴别品种、研究品种亲缘关系、有效地保护利用这一优良的种质资源，并为牡丹、芍药品种国际登录和新品种保护提供分子水平的品种鉴定技术，本研究在摸索适用于牡丹、芍药的荧光法AFLP分子标记技术体系的基础上，初步建立了牡丹、芍药部分品种DNA指纹图谱。得到以下主要结论： (1) 建立并优化了适宜于牡丹、芍药的AFLP反应体系，并在样品采集、DNA提取、酶切连接、两次扩增以及显带等实验过程优化的基础上，得到了稳定、清晰、分辨率较高的指纹谱带。 (2) 利用内切酶Mse Ⅰ-EcoR Ⅰ的引物组合，初步建立了5个牡丹品种、6个芍药品种的DNA指纹图谱。牡丹的5对引物组合得到214条多态性条带，多态百分率为80.4％，芍药的4对引物组合得到179条多态性条带，多态百分率为81.5％。表明AFLP确实是揭示多态性的强有力的工具。所有供试引物的鉴别效率均为100％，供试的11个品种均有其特异(具有或缺失)的谱带，证明AFLP分析是目前鉴定品种较有效的方法之一。 (3) 运用AFLP标记进行牡丹、芍药指纹图谱绘制时，选择性碱基引物组合E-AGG／M-CAG、E-ACT／M-CAT分别为牡丹、芍药较理想的引物组合。 (4) 鉴别亲缘关系相近的品种时，有时一对引物组合不足以检测出差异，应选用两对或更多对引物，并要注意参考和结合传统分类方法。 (5) 牡丹品种‘冠世墨玉’的形成可能是‘黑花魁’、‘烟笼紫珠盘’经天然杂交后，基因发生突变的结果；也可能在其形成过程中有其它品种参与。有待于扩大样品量后进一步研究。由遗传距离看，芍药品种‘Primevere’与‘种生粉’的遗传距离最近，为0.6667，与它的相似性最大。由于‘Primevere’的亲缘关系不清，供试材料的有限，本文只是根据所的结果从分子水平上进行分类。 (6) AFLP在植物鉴别和系统分类方面，虽然有强大的说服力，但它并不排斥其它的方法。应综合形态学、孢粉学、细胞学、同工酶分析等多方面的证据，才能得到较完美的解释。摘要 以上研究为牡丹、芍药品种鉴定、优良品种选育、新品种保护初步奠定了分子标记研究的理论基础，同时，为进一步构建牡丹、芍药遗传连锁图谱、分子标记辅助育种、重要基因的图位克隆等提供了可供参考的AFLP反应体系。