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随着分子生物学和分子遗传学的发展，已发现了许多能直接在DNA水平上揭示物种差异的分子标记技术，如RFLP、SSR等。这些技术已广泛应用于包括水稻在内的各种农作物的遗传育种研究和品种资源研究的各个方面，如遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助选择、图位克隆、种质资源多样性研究、指纹图谱的绘制、系统进化等等。水稻作为重要的粮食作物和单子叶植物的模式植物，分子标记的研究已全面展开，并取得一系列的突破