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羽毛颜色是一个重要的经济性状,它在确定品种纯度和亲缘关系方面有一定用途。黑素皮质素受体1(MC1R)基因是羽色/毛色遗传的候选基因之一。本试验以五种羽色类型的鸽子为研究对象,通过直接测序检测SNP位点对MC1R基因的遗传多态性进行研究,分析不同基因型与品种和羽色性状的相关性。主要结果表明:
本试验所扩增的鸽子MC1R基因编码区的长度为742bp。A+T含量为40.62%,G+C含量为59.38%,A+T含量低于G+C含量。鸽子MC1R基因部分编码区序列与GenBank中鸟类品种,核苷酸同源性达91%以上,氨基酸一致性高达90%以上。对氨基酸跨膜结构预测,发现该片段有六个跨膜结构域,证实MC1R基因在不同物种中具有高度保守性。
本实验研究鸽子MC1R基因编码区有3个SNPs位点,分别为SNP1(G199A)、SNP2(G225A)和SNP3(A466G)。SNP1中,仅有纯合基因型GG和杂合基因型AG,且纯合基因型GG频率为92.31%,超过AG基因型频率。SNP2中,纯合基因型GG频率远超过AG和AA基因型频率。SNP3与SNP2却恰恰相反,AA基因型频率远高于AG和GG基因型频率。
群体遗传学分析表明,基因型频率在不同羽色类型中分布差异达显著水平(P<0.05)。发现SN-P1和SNP2中GG纯合基因型在黑羽型、灰羽型和雨点型的不同羽毛颜色个体中占主导作用,SNP3中AA纯合基因型在黑羽型、灰羽型和雨点型的不同羽毛颜色个体中占优势。
MC1R基因型和单倍型分布在不同黑色素表型羽毛中存在着明显差异,表明MC1R基因对鸽子羽毛颜色有重要影响,有可能是黑色素性状的候选主效基因或者与控制鸽子黑色素性状的主效基因连锁。