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猪干细胞在育种、人类医学和生物学研究等方面具有重要价值,但目前对猪干细胞多能性建立、维持的特异性调控机制还缺乏足够的认识。MicroRNAs(miRNAs)是一类非编码小RNA,作为一种重要的表观遗传修饰,在调控细胞多能性及细胞重编程中具有重要作用,而关于miRNA对猪干细胞多能性调控的研究却极少。为揭示miRNAs在调控猪干细胞多能性建立及维持中的作用,本研究采用RNA-Seq技术检测了猪耳源成纤维细胞(porcine Ear Fibroblasts,pEFs)、猪脂肪干细胞(porcine Adipose Derived Stem Cells,pADSCs)、猪部分重编程iPSCs(porcine Partially reprogrammed induced Pluripotent Stem Cells,pPiPSCs)和猪na?ve-like iPSCs(porcine Na?ve-like i PSCs,NpiPSCs)中的miRNAs表达谱。经qRT-PCR验证后,再对差异表达的miRNAs进行靶基因预测和GO、KEGG Pathway功能分析,探讨候选miRNAs可能行使的生物学功能,以期筛选出猪干细胞多能性及体细胞重编程调控特异性miRNA。取得结果如下:1.按照每个样品三个生物学重复,成功构建pEFs、pADSCs、pPiPSCs和NpiPSCs的miRNA测序文库。各测序文库去除冗余序列后,所得纯净序列(clean reads)均占高质量序列数的95%左右,且小RNA片段长度均主要分布在20~24nt之间,其中22nt的序列所占比例最大。2.猪多能性状态或重编程程度不同的细胞,其miRNAs表达不同。表现为:miR-371-5p、mi R-17/92簇、miR-106a/363簇、miR-182等多能性相关miRNAs,在NpiPSCs中表达显著高于在pEFs和pADSCs中;细胞分化相关的let7家族、miR-145在pEFs和pADSCs中表达量明显高于在NpiPSCs;抑制重编程的miR-29a和miR-214在pADSCs、pPiPSCs和NpiPSCs中表达呈递减趋势;miR-106a、miR-18b、miR-20b、miR-18a和miR-20a等与部分多能性相关的miRNAs,在NpiPSCs和pPi PSCs中无差异,而miR-371-5p与miR-182在NpiPSCs表达显著高于在pPiPSCs。此外,与pADSCs相比,miR-219b-3p、miR-7138-3p、miR-105-2、mi R-1468、miR-136及miR-96-5p在Npi PSCs中显著高表达,miR-31在pPiPSCs显著高表达。与pPiPSCs相比,miR-432-5p在Npi PSCs中显著高表达。3.以miRanda、targetscan和PITA三种靶基因预测软件对差异miRNAs进行靶基因预测、取交集,再对靶基因进行GO和KEGG通路分析。结果显示,预测靶基因主要在癌症相关通路、JAK-STAT通路、WNT通路、Notch通路、代谢通路、脂肪细胞因子信号通路等与多能性和成脂相关的通路中富集。另外,靶基因还主要富集于转移酶活性调节、核酸结合、蛋白结合、翻译调控等对干细胞多能性具有调控作用的分子功能。总之,本研究揭示了猪不同多能性程度细胞miRNA表达谱特征。其中,miR-7138-3p、miR-432-5p和miR-31可能是潜在的猪干细胞多能性建立及维持的特异性调控因子。本研究丰富了人们对猪干细胞多能性表观调控的认识,为猪干细胞早日实现应用提供理论支持。