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MicroRNAs(miRNAs)是一类长约20-25个碱基的小分子非编码RNA,它们广泛的存在于真核生物中,许多研究证明,这些microRNA在生物体内有着非常重要的调节功能,几乎涉及到了所有的细胞水平方面的功能。microRNA作为一种真核生物体内的重要的调节因子,近年来在动物和植物中被广泛研究。随着实验方法和生物信息学方法的进步,越来越多的miRNA被克隆出来,但是在各个物种中所鉴定的microRNA的数量远远不及其理论上的饱和值,所以对microRNA的分离鉴定依然是对microRNA研究的一个热点方向。正如拟南芥是分子生物学的模型植物,番茄是果实生长发育及成熟的模型,对番茄miRNA的研究可以发现对成熟有调控作用的miRNA。这些miRNA可被用来通过基因工程的手段改良果实的品质(营养和风味)、提高产量和延长保鲜期,或者以其作分子标记辅助常规育种选育高产优质品种。本研究用番茄的果实做材料,采用氛氯仿抽提的方法提取总RNA,用聚乙醇8000沉淀的方法得到小RNA(≦200nt),采用20bp和40bp的DNA引物做Mark,用聚丙烯酰胺凝胶分离到20～40bp的小RNA,在它们的3’端加Poly(A)尾巴、5’端加RNA接头(5’-CGACUGGAGCGACACUGACA UGGACUGAAGGAGUAGAA-3’),然后通过RT-PCR扩增,将PCR产物连接到T载体,对阳性克隆测序,共获得了50多个小RNA序列,在番茄基因的数据库中查找它们的同源序列,得到4个候选miRNA,对它们进行二级结构分析并做Northern blot和RT-PCR验证,发现了1个新的miRNA(5’-CUUCCUUCUUCAUCUUUCUCUC-3’)。本研究发现的新的miRNA,为以后进一步的寻找它的靶基因,通过构建载体过表达miRNA来揭示miRNA在番茄生长发育中的功能奠定了基础。