本文从大英农作物生产研究会的农药手册和国际农药行动网中提取了各类农用药物。利用化学信息学方法对比了三组农药(a.农药和临床药物b.1970年前农药和1971年后农药c.杀菌剂、除草剂和杀虫剂)在物理化学性质、分子骨架等方面的差异,分析了各类化合物在化学空间中的分布特点。结果表明：1)农药的脂溶性及氟、氯、磷等元素含量明显高于临床药物,而分子质量、氢键受体数、氢键供体数和极性表面积低于临床药物。两类化合物在分子骨架和化学空间分布方面也存在着显著差异。因此,将医药研发的技术应用到农药研发时,应注意结合农药自身的特点,适当的调整参数。2)1971年后农药的分子质量、脂水分布系数、极性表面积、可旋转键数等性质明显高于1970年前农药。两类农药在分子骨架和化学空间分布上也存在着显著差异。结果表明随着时间的变化,农药的理化性质和分子结构也发生改变。3)杀菌剂、除草剂及杀虫剂的分子质量和极性表面积依次升高,除草剂、杀菌剂、杀虫剂的可旋转键数和脂水分布系数依次升高。骨架分析结果显示,三类农药中出现频率较高的链结构、环簇结构、Murcko骨架结构差异不显著。三类农药在化学空间分布上差异显著。由于作用对象和作用机理的不同,杀菌剂、除草剂及杀虫剂在理化性质方面表现出差异。