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本研究采用随机扩增多态性DNA(RAPD)、核糖体内转录间区1(ITS1)和线粒体细胞色素氧化酶亚基1(COI)分析方法,对我国西施舌(Coelomactra antiquata)福建长乐(CL),江苏启东(OD),江苏连云港(LYG),山东胶南(SD)和广西北海(GX)等五个群体遗传结构,多样性性状况和系统发育关系进行了分析和比较,主要研究结果如下:1.利用RAPD标记技术,分别分析了西施舌CL、QD、LYG、SD和GX五个群体的遗传多样性及群体间的差异。在55个随机引物中,筛选出12个多态引物,对五个西施舌群体进行PCR扩增,共得到88条带,其中特异性条带占条带总数百分比高达92.05%。12条引物扩增所得片段大小在100bp-3000bp之间,其中多态位点比例和香农指数分别为:62.07%、70.15%、77.05%、78.26%、72.58%和0.2105,0.2612,0.2887,0.3123,0.2782;五个群体之间的遗传距离在0.0683-0.2239,CL群体与其余四个群体间的遗传距离在0.1827-0.2239之间,除长乐外的另外四个群体的遗传距离在0.0683-0.1367之间;CL群体与QD,GX,SD,LYG之间的遗传分化值(Gst)分别为0.3649,0.3448,0.3250,0.3090;而QD,GX,SD,LYG四个群体之间的遗传分化值(Gst)在0.11150-0.29684;数据显示CL群体和其它群体间的遗传分化最大,群体间的Nm同样说明这一点。UPGMA聚类分析显示:QD和SD群体距离最近,首先聚为一支,然后该支和GX群体相聚后,再和LYG群体相聚;而CL群体则单独形成一支。2.基于ITS1,对五个西施舌群体的遗传结构、遗传多样性进行了分析。PCR扩增获得1000bp左右的ITS1核苷酸序列。PCR产物纯化后与T载体连接,进行克隆、测序。去掉两头的18S rRNA和5.8SrRNA序列,得到长度为816bp-842 bp的ITS1全序列。碱基组成分析显示:A,C,G,T平均含量分别为18.72%,28.01%,32.20%,21.07%,GC含量明显高于AT含量。遗传差异分析结果显示:CL群体和其它四个群体间的成对遗传距离3.7%-4.1%之间,遗传分化系数Fst为0.61892-0.65857;而另四个群体间的遗传距离在0.7%-1.2%之间,遗传分化系数Fst为-0.04051-0.00301;以上数据表明,长乐群体和其它四个群体间亲缘关系较远,其余四个群体间无明显遗传分化。NJ和UPGMA聚类图同样说明了这一点。3.西施舌CL和SD群体遗传多样性的COI分析:对线粒体COI基因片段进行了PCR扩增,获得658bp的核苷酸片段(去除引物),两群体的GC含量分别为36.72%和35.15%,显著低于AT含量。基于COI的AMOVA分析表明,两群体间的遗传分化系数Fst=0.95899(P＜0.05),群体间具有极高的遗传分化。MEGA3.1软件计算两群体间的Kimura2-paramter遗传距离,达到15.2%,而CL和SD群体内遗传距离分别为0.5%,0.6%。基于NJ法和MP法构建的系统数显示:所有的CL个体聚为一支,而SD个体聚为另一支。